舟山市国家税务局下设舟山市国家税务局定海税务分局、舟山市国家税务局普陀税务分局、舟山市国家税务局金塘税务分局、舟山市国家税务局六横税务分局、舟山市国家税务局普陀山税务分局（以下简称××税务分局），分局级别为正科级。
定海、普陀税务分局内设机构职能设置：
⑴办公室
负责文秘、信息、信访、档案、接待、安全保卫、后勤和财务管理；负责人事教育工作和老干部管理；负责全局税收宣传等工作。对口市局办公室、财务管理处、人事教育处、机关服务中心等。
⑵监察科
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；组织协调部门的党风廉政建设和反腐败工作；负责本单位及工作人员贯彻执行党和国家的路线、方针及有关法律、法规、政策情况的监督检查；受理对分局工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；配合市局查处分局工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作；负责党务、工会、共青团、妇委会工作。对口市局监察室、党委办、工、青、妇职能部门和团体组织。
⑶综合业务科
组织落实税收政策以及增值税、消费税、营业税、所得税、储蓄存款利息所得税的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理，组织实施有关税种的纳税评估等工作。主要职能对口市局的政策法规处、货物和劳务税处、所得税处、纳税服务处、征收管理处、进出口税收管理处、信息中心等。
⑷税源管理一科
负责除金塘、六横、普陀山以外的涉外企业及上级明确规定的大企业税源管理（包括进出口企业的税源管理），并对金塘、六横、普陀山税务分局大企业和国际税务管理的业务进行指导管理。对口市局大企业和国际税务管理处。
⑸税源管理二科
定海税务分局税源管理二科负责定海城区昌国街道、解放街道、盐仓街道等除税源管理一科、税源管理四科管辖外纳税人的税源管理（包括进出口企业的税源管理）。
普陀税务分局税源管理二科负责勾山街道、展茅街道（即原勾山、浦西、展茅、螺门、芦花）和虾峙、桃花、蚂蚁、登步岛等除税源管理一科、税源管理四科管辖外纳税人的税源管理（包括进出口企业的税源管理）。
⑹税源管理三科
定海税务分局税源管理三科负责定海城区环南街道、城东街道、临城街道等除税源管理一科、税源管理四科管辖外纳税人的税源管理（包括进出口企业的税源管理）。
普陀税务分局税源管理三科负责沈家门街道（包括平阳浦），即原沈家门城区和普陀东港、朱家尖、白沙岛、东极岛等除税源管理一科、税源管理四科管辖外纳税人的税源管理（包括进出口企业的税源管理）。
⑺税源管理四科
定海税务分局税源管理四科负责除金塘、白泉、岑港地区以外所有个体工商户、集贸市场的税源管理工作。
普陀税务分局税源管理四科负责除六横、普陀山地区以外所有个体工商户、集贸市场的税源管理工作。
金塘税务分局继续委托定海管理，六横、普陀山税务分局继续委托普陀税务分局管理。金塘、六横、普陀山税务分局暂不设内设机构。主要负责辖区内税源管理以及纳税服务工作。
