但实际上,珍珠港行动的后5个月中,日本海军对一、二、五战队六艘航母的使用是“浪费的和不恰当的”(渊田美津雄),因为所攻击的对象包括竞技神号航母在内其战略意义都不大,并且致使联合舰队最锋利的矛偏离了其主要的目标美太平洋舰队有近半年的时间。
从印度洋返航途中,第五航空战队受命支援莫尔兹比港的登陆。1942年5月8日,在珊瑚海海战中,第五航空战队击沉美航母列克星顿号、重创约克城号。对垒中翔鹤号也中了三颗炸弹严重受损,瑞鹤号虽没有受损但严重减员,所以两舰都没有参加1942年6月的中途岛战役。
中途岛后,翔鹤号和瑞鹤号就成了联合舰队的顶梁柱,并改称第一航空战队。1942年8月在瓜岛争夺战中,在东所罗门海,翔鹤号和瑞鹤号击伤美航母企业号,42年10月的圣克鲁斯海战中,又击沉美航母大黄蜂号。
进入1943年,太平洋的天平已完全逆转。美国埃斯克斯级航母服役后,联合舰队的翔鹤号和瑞鹤号仍然在苦苦支撑,两舰屡屡受创,但还劫数未到。1944年6月,在马里亚纳海空战中,翔鹤号被美潜艇棘鳍号发射的鱼雷击中,随后燃油爆炸,沉没。1944年10月,在菲律宾战役的恩加尼奥角海战中,已是空有其表的瑞鹤号作为诱饵被美第3舰队击沉。