员工申请劳动仲裁对公司有影响。实践中，员工申请仲裁的内容较严重且是长期广泛的违法行为，如不交社保、不支付加班费、不给带薪年假等，一般会对公司造成较大的压力。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法： （一）因确认劳动关系发生的争议； （二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议； （三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议； （四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议； （五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议； （六）法律、法规规定的其他劳动争议。 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十八条 申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五十一条 当事人对发生法律效力的调解书、裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，另一方当事人可以依照民事诉讼法的有关规定向人民法院申请执行。受理申请的人民法院应当依法执行。