目前有大部分人还不愿意吃转基因食品，但转基因食品已无处不在，我们无法预测这项技术所带来的灾难性后果，但我们清楚这种毁坏将是不可逆的。
金龙鱼食用调和油瓶身上用很小的几乎看不到的小字标着：大豆油由转基因大豆提炼，菜籽油由转基因油菜籽提炼。金龙鱼的品牌营销做得相当好，可想而知，在中国有多少人已经吃了由转基因大豆提炼的油。
转基因食品无处不在：土豆，西红柿，木瓜，大豆油，色拉油,调和油，饮料，奶粉，饼干......
1998年，美国媒体报导了对英国罗伊特研究所普斯陶教授的专访，他警告人们关注未充分证明其安全性就已经推广的转基因食品，经过试验：用转基因土豆喂老鼠后，老鼠发生器官生长异常，体重和器官重量减轻，并且免疫系统遭到破坏。
转基因食品的安全性一直存在着巨大的争议，目前国际上还没有达成共识。它的存在也只有短短10多年的时间，许多长期影响目前还不得而知，食用转基因食品就如把自己当作白老鼠，有不可预测的风险。因此，对转基因食品应采取预防原则，在长期的安全性还没有完全确定之前，不应该在食品生产中使用转基因原料。
目前，墨西哥禁止种植转基因玉米；欧盟暂缓进口转基因食品；日本、澳大利亚、新西兰等国家都要求在转基因食品上明确贴上标签，说明转基因成分的含量；英国的许多大超市禁止使用转基因生物作为原料生产食品。
国内已有知情人士忧心忡忡地指出，“转基因食品的研究表明，耐除草剂的转基因大豆，抗癌成份也减少了，抗虫转基因玉米在提高害虫死亡率的同时也影响着益虫的成熟，小动物吃了转基因土豆会使内脏和免疫系统受损，那人呢……”。欧洲人正是因为转基因食物可能对人体有害而禁止在欧洲销售；即使在美国，经销商被规定转基因食物必须具有标识。
1998年8月，英国教授普兹泰发现，老鼠食用了转基因土豆之后免疫系统遭到破坏；美国也有一些害虫的天敌因转基因植物致死的报导；2005年5月22日，英国《独立报》又披露了知名生物技术公司“孟山都”的一份报告，以转基因食品喂养的老鼠出现器官变异和血液成份改变的现象。这些消息在带给全世界震惊的同时，也使更多的人怀疑食用转基因原料制成食品的安全性。
（1），未进行较长时间的安全性试验：基因化食品改变了我们所食用食品的自然属性，它所使用的生物物质不是人类食品安全提供的部份，未进行长时间的安全试验，没有人知道这类食品是安全的。
（2），产生毒素：基因化食品能产生不可预见的生物突变，会在食品中产生较高水平和新的毒素。Losey,J.E.等（1999）报导，在一种植物马利筋叶片上撒有转基因Bt玉米花粉后，普累克西普斑蝶食用叶片就少，长得慢，4天的幼虫的死亡率44%。而对照组（饲喂不撒Bt玉米花粉的叶片）无一死亡。转基因作物产生的杀虫毒素可由根部渗入周围，但尚不清楚会产生何种影响。
（3），过敏或变态反应：基因技术会在食品中产生不能预见的和未知的变态反应原。据报告，对巴西坚果产生过敏的主体也会对用该坚果基因工程化而得到的大豆产生过敏。科学家把巴西胡桃的特性移植到黄豆上去，结果却使一些对胡桃过敏的人在摄取黄豆时有过敏的可能。植物凝血素（Lectin）对有些害虫来说是有毒的，转基因食品不得含有此类有毒物质。
（4），减少食品的营养价值或降解食品中重要的成份：基因化的目的是去除或灭活人们认为不需要的物质，这些物质可能是未知的，但它是基本的。比如它有自然的抑制癌症的能力（Pariza,M.W.，1990）。美国的研究资料表明，在具有抗除草剂基因的大豆中，异黄酮类激素等防癌的成份减少了。基因化食品的虚假新鲜感迷惑消费者。具有芳香、有光泽的红色蕃茄能贮藏几周，但营养价值较低。消费者在购买水果或蔬菜时，仅依靠外观和质地，因此，不能准确判定该产品的真实质量。营养物质在环境中自然循环受到转基因微生物的干扰。
（5），产生抗菌素耐药性细菌：基因技术采用耐抗菌素（如抗卡那霉素、氨苄青霉素、新霉素、链霉素等）基因来标识转基因化的农作物，这就意味着农作物带有耐抗菌素的基因。这些基因通过细菌而影响我们。英国的研究显示，转基因作物中的突变基因可能会进入到生物有机体，突变的基因如跨越种群和转移至细菌，其结果可能会导致新的疾病。虽然这种机会可能性很小，但如出现无法治疗的并广泛传播的对生命造成严重威胁的疾病时，其后果不堪设想。
（6），产生的问题不能进行追踪：若不进行标识，我们的公共卫生当局就无力因出现问题发现其来源，潜在性的危害值得怀疑。
（7），副作用能杀害人体：Mayeno,A.N.等（1994）报告，发生一种新的，不明原因的病症，主要表现为嗜酸性肌痛。临床表现有麻痹、神经问题、痛性肿胀、皮肤发痒、心脏出现问题，记忆缺乏、头痛、光敏、消瘦（Brenneman,D.E.等，1993；Love,L.A.等，1993）。后查明系日本一公司生的基因化工程细菌产生的色氨酸所致。食用者在3个月后发病，导致37人死亡，1500人体部份麻痹，5000多人发生偶尔性无力。据测定，含量为0.1%便可杀死人体。
根据2002年3月20日起开始实施的农业部《农业转基因生物标识管理办法》的规定，第一批实施标识管理的农业转基因生物为：
(一) 大豆种子、大豆、大豆粉、大豆油、豆粕
(二) 玉米种子、玉米、玉米油、玉米粉
(三) 油菜种子，油菜籽，油菜籽油，油菜籽粕
(四) 棉花种子
(五) 西红柿种子，鲜西红柿，西红柿酱
已经发现一种基因工程大豆会引起严重的过敏反应；用基因工程细菌生产的食品添加剂色氨酸曾导致37人死亡和1500多人残废。最近发现，在美国许多超级市场中的牛奶中含有在牧场中施用过的基因工程的牛生长激素。一著名的基因工程公司生产的西红柿耐储藏、便于运输，但它们含有对抗抗生素的抗药基因，这些基因可以存留在人体内。人造的特性和不可避免的不完美会一代一代的流传下去，影响其它有关及无关的生物,它们将永远无法被收回或控制, 后果是目前无法估计的。
我国食品安全专家叶永茂对此也提出了自己的观点：“转基因食品在理论上至少存在5大潜在危险：产生毒素，引起人类致癌致畸或基因突变，导致人体产生过敏反应，引起食物营养结构失衡，使人体产生抗药性，使自然和生态环境失衡，现在欧洲许多国家因此抵制转基因食品上市。”
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