内部资本市场凭借其独特优势在企业运营中发挥着重要作用。首先，它降低了交易成本。由于内部市场信息对称，企业无需支付高昂的外部市场信息不对称带来的风险，总部和各部门之间的信息交流更为直接，节省了费用，提高了决策效率（信息优势）。
其次，内部资本市场的监督机制更为激励。总部作为剩余索取者和控制者，对投资项目有更大的筛选动力和权力，这促使总部进行严格的监督，以确保资金的有效使用，而在外部市场，投资者的监督动力通常较低（监督激励）。
在资源配置方面，内部资本市场允许总部基于项目收益率进行统一调配，确保资源有效利用。如果部门业绩不佳，内部资本市场的合并机制可以及时调整资产，避免外部投资者的损失（资源配置）。然而，这种优势也存在一些潜在问题：
一方面，内部市场可能导致跨部门的过度补贴，多元化公司可能倾向于投资回报较低的部门，从而影响整体价值（跨部门补贴）。
另一方面，管理层的资源调配可能因个人利益而偏离最优，多元化公司可能会过度投入以增强竞争力（资源配置问题）。此外，部门经理与总部之间的代理问题可能导致内部市场效率低下，信息流通不畅（内部代理倾向）。
20世纪中期，在美国出现了一股兼并联合的浪潮，同时也出现了一批大企业、大集团。这些集团式企业的出现，导致了企业内部资本市场的产生。由于集团式多部门企业的资本需要进行流通和配置，各部门可以从各部门内部调集资金或融通资金。而各部门之间为了获取资金展开的竞争，类似于外部市场的竞争机制。但内部资本市场可以把多条渠道的现金流量集中起来，投向高收益领域，使内部资本市场在监督、激励、内部竞争以及资本的低成本配置方面优于外部的资本市场。因此，这种企业内部形成的资金流动和资本配置，就是我们所称谓的企业内部资本市场。