区内有和田河、克里雅河、尼雅河等数十条河流，均发源于昆仑山北坡，河流的水文特征制约于区内的气象要素，又和自然地理、地质条件密切相关。
区内主要河流流量的季节性变化十分明显。每年的5～10月为丰水期，此期又以6～8月的水量最大，占全年迳流量的60%以上，而11月至翌年4月为枯水期，流量不及丰水期的1/10，甚至干涸。
由于补给条件的不同，河流的流量大小、水文动态、流程长短以及流经地带也各不相同，并具有不同的水文地质意义。据此，将区内河流归纳为三种不同的类型。
（一）冰雪消融水、裂隙水补给的混合型河流
该类河流补给源丰富，水量充沛，流程长，甚至纵贯全区，跨越不同地貌单元。河流在山区段，谷底坡降大，水流湍急；流到山前戈壁带，由于地形突然变缓和戈壁砾石极好的渗透性，致使河水大量渗漏，补给地下水；而到了下游河段，河流却起到排泄部分地下水的作用。此类河流的水文地质意义最大。典型河流为玉龙喀什河、喀拉喀什河、克里雅河等。河流动态的季节性变化显著，主要表现在水量随气温升降产生的变化。
（二）潜水补给的泉集河
该类河流均源自戈壁前缘溢出带，完全接受地下水补给，具有流程短、流量一般不大、动态稳定的特点。它们多被农灌引用或消失于沙漠之中。这类河流有尼雅河、牙通古孜河、安迪尔河等。
（三）降雨补给的季节性河流
该类河流属发生于夏秋季节的暂时性水流，多分布于低山丘陵区的沟谷中，于戈壁带即渗漏地下，对地下水有一定补给意义。
研究区内数十条大小河流，随着地质、环境的变迁，遗留下许多古河道。现借助遥感图象只能解译出浅部古河道的分布状况。这些古河道的分布与现代河流密切相关。
研究区南部的昆仑山，在地形上是南高北低，河流均由南向北流动；降雨量则是西部大，东部小，河流的发育也有如此规律。河流中由大到小的三条，即和田河、克里雅河、尼雅河（表3—1），它们分别代表了研究区西、中、东三大地区的河流发育规模上的规律。
表3-1 河流年均流量
以上均为常年有水的河流，各河流在流量上有较大的差别，但在延伸长度上却没有相应的比率，比如某些小河流尽管流量较小，却仍有较长的延伸距离，说明这些河流接受了地下水的补给。
至于河流的形态，可从河流的长度、方向、弯曲程度上进行观察。
在长度上，研究区内和田河最长，克里雅河次之，位于第三的是尼雅河。
这几条河流流向的总趋势是向东北方向偏转，偏转的程度与河流的规模成正比。和田河在麻扎塔格山以南地区这一现象更为明显。克里雅河则在山前平原区摆动幅度较小，经过民丰北凸起后才向东偏，在平面上呈向西凸出的弧形。
尼雅河、牙通古孜河和安迪尔河则基本上呈南北走向，与和田河和克里雅河相比，在流量上和延伸长度上均小得多，特别是这3条河流在出山口处即全部渗入地下，直到在溢出带处才以泉水形式汇集成河流。但在地表往往留下了干枯河床，只有在洪水期有水流经过，或之前才是一条完整的河流。这说明近代由于河水来源减少，在山前平原区的渗漏能力要远远大于来水量。