两者退休金的计算方法是一样的，这也是两者之间的共同之处。他们的不同之处在于缴费基数的灵活选择和出资方式的不同，以及退休规定年龄上有所区别。
灵活就业者依据个人经济条件可以自主选择社保缴费基数，既可多缴也可少缴；缴费时间相比在职职工也较灵活；由于灵活缴费人员没有所属单位，故社保缴费单位应缴部分也有个人承担，连同个人应缴部分均有自己全额出资；退休规定年龄男性两者是一样的，女性就不一样了：在职企业女性50岁退休，灵活就业女性55岁退休；办理退休的渠道和手续也不尽相同。
在职职工社保缴费一般都是以单位为组织，有社保机构按当地每年不同的社平工资核定的缴费基数和规定的比例及时间要求，个人应缴部分有单位代扣与单位缴纳部分一同有单位上缴。缴费比例和基数及缴费时间一旦确定，就没有了灵活选择余地。退休时，达到规定年龄：企业男性职工满60岁，女性满50岁，特殊工种：男满55岁，女满45岁即可有单位持其个人档案，到当地劳动行政部门为其办理退休手续。但是，灵活就业人员与企业在职人员两者的退休待遇计算公式和计算方法均是一样的。不过由于个人社保帐户中的钱的多少，也决定了养老金的多少。
另外，因为参保年代不同，参保环境不同，导致灵活就业参保者比职工参保者少了一项内容，就是视同缴费年限的过渡性养老金。除此之外还有，灵活就业参保者的缴费基数只要自己选定以后，一年之内基本不会改变，次年以后，除非社保局重新调整缴费基数外，个人基本不会重新调整缴费基数，记入个人账户的缴费金额，每年都是一样的。但职工参保者不同，职工参保者的缴费基数，是按职工的工资性总收入计算缴费基数的，个人缴费部分扣费，每月是不一样的，也就是说，职工参保者每月记入个人账户的金额是不一样的。
工资总额高的月份，个人扣费就多，计入个人账户的金额就多，工资总额低的月份，个人扣费就少，计入个人账户的金额就少。