29——30话
爱丽丝学园，班长得到了优等生奖返家一星期。
在这段时期，社会上出现了离奇的爱丽丝能力消失事件，原因不明，学园中人心惶惶。
蜜柑回到特力系，见到一个陌生的学长，此人正是特力系的代表殿内明良，拥有增幅的爱丽丝。
一个星期的假期结束，载班长回来的汽车在路上差点撞倒一个女人，班长亲切地将女人扶起。
班长带了很多礼物，小莹的企鹅出场，卷发让班长使出爱丽丝吓吓几个恶作剧的学生，发现班长的爱丽丝也消失了。经过调查，犯人是回程碰到的那个女人，那个女人拥有盗窃的爱丽丝，并与Z组织有关，听到“Z组织”三个字，蜜柑瞬间想起抓走枣的那一伙人，蜜柑询问枣是不是知道什么，枣不理她，蜜柑生气。
流架在一旁看出端倪，隐约感到枣对蜜柑的感情。而另一方面，学园突然通知全校学生说Z组织的入侵者侵入学园了……
31——32话
小莹驾着自己的天鹅飞车载着蜜柑赶到出事地点。入侵者是一男一女，女人在听到小莹喊蜜柑的名字时愣了……
正在这时，学园的保卫出现，小莹为救蜜柑中弹昏迷。
打中小莹的子弹含有致命病毒，短时间内找不到解毒方法，小莹陷入危险。蜜柑在看到小莹痛苦的样子后十分自责。
殿带蜜柑回到特力系，大家讨论为什么Z组织的成员可以潜入学园，殿说出隐藏在高中部的一个传说，传说高等部曾经有一名学生拥有扭曲空间的爱丽丝，穿越那个扭曲时空而产生的洞就可以不受结界影响地随意进出学园，而洞穴就隐藏在高等部的某处……
33——34话
危险能力系开会，枣借故中途离开，偶然听到老师们说小莹的事情校长不会对蜜柑善罢甘休……
枣一个人探望小莹，借助读心护士的爱丽丝，枣听到了小莹对他说的话，“枣，你为什么在这里，你现在该去的地方，不是蜜柑他们身边吗？”枣听后动容。
在听到殿关于洞穴的传说后，蜜柑说出希望沿着洞穴出去追踪Z组织为小莹找寻特效药的想法。流架和枣也愿意帮忙，殿答应帮他们潜入高等部，企鹅从小莹的包包中拿出格列弗糖果分给众人……
格列弗糖果是一种很奇特的糖果，服用者会随着包装上面的数字增加或减少几岁。四人终于来到了高等部，新闻部部长说出他所知道的有关洞穴的消息，洞穴的确存在，而且在洞穴的疑是地点常常可以看到两个幽灵的身影，其中一人的样貌和学园总代表樱野很像。
35——36话
大家觉得传说中的洞穴十有八九和樱野总代表有关系，打定主意后一行人悄悄潜入学生会室。
樱野答应帮助他们，条件是有关于洞穴的事要严守秘密，四人终于借由洞穴得知了入侵者的行踪，临行前殿将自己的爱丽丝石交给蜜柑。
B班教室内，鸣海在得知四人的秘密行踪后气极……
四人从洞穴掉出后来到一个森林，流架从动物们口中得知Z组织的一行人的确来到这里，四人沿途追去。
蜜柑打开备用食品包，发现小莹的企鹅偷偷藏在包里。
梅度莎石化爱丽丝的能力转移到树木上，这些拥有石化能力的树木突然向四人发起攻击，四人快速逃离，眼看流架将被石化，蜜柑激动地扑到流架的身上……
第37话
情急之中蜜柑引发了无效化爱丽丝，一行人脱险。
蜜柑诧异于自己力量的增强，翼告诉蜜柑，是因为她身上所带的殿的爱丽丝石的缘故。
晚上四人休息，湖边，流架借着月光与蜜柑聊天，并说出自己有能力制造爱丽丝石的那一天会将爱丽丝石送给蜜柑。原来爱丽丝学园有一种说法，互相交换爱丽丝石的人会变成一对情侣，蜜柑不知其中缘故，告诉流架她会很高兴地收下流架的爱丽丝石，并承诺也会将自己的送给他，流架感动。
流架离开，一旁的树丛中，枣的身影显露出来…
第38话
原来枣一直隐藏在树丛中，他听到了流架和蜜柑的对话…
蜜柑想起有关爱丽丝结晶石的回忆，心中揣测也许最需要自己爱丽丝的人是枣，于是说出要将自己的爱丽丝石送给枣，枣吃惊…
入夜，蜜柑和流架都睡了，突然，枣在一阵狂咳中醒来，并咳出了血，翼看到后大惊…
39——40话
翼惊讶地看着枣，枣警告他不准将自己的身体情况告诉别人。
四人终于找到了Z组织一行人的行踪，而他们也被Z组织的负责人发现…
潜入学园救同伙并偷走班长爱丽丝的女人终于露出了真面目，她叫安积柚香，拥有盗窃的爱丽丝，在看到蜜柑等人出现在屏幕上后，她吃惊地盯着蜜柑的脸…
四人终于找来到Z组织分部的入口，蜜柑不幸掉入蚁狮穴…
蜜柑被捉，柚香提出要亲自调查蜜柑的爱丽丝…
枣、翼和流架继续前行，三人来到大厅，面对着正等着他们的敌人…
柚香走在通往蚁狮穴的路上，回忆起尘封在心中多年的记忆…
41——43话
柚香认出蜜柑是自己10年前交给别人抚养的女儿，蜜柑的父亲曾是特力系的导师，也是10年前学园大骚动的组织者。
柚香来到监牢，得知他们来到这里的真正目的后将特效药巧妙地给了蜜柑。蜜柑逃出与枣汇合，流架、翼及枣均受伤，四人成功从石化爱丽丝的魔掌中逃了出来，最后关头企鹅为寻特效药牺牲，四人返回…
44——45话
鸣海料定柚香看到蜜柑后一定会到老师的坟前。
两人重逢，并从柚香手中要回了被偷的学生的爱丽丝石，柚香问鸣海为什么继续留在学园，是否因为10年前的约定，鸣海没有正面回答……
班长和小莹都恢复了，大家一起去接小莹，小莹与蜜柑开心地拥抱在一起。
另一方面，初等部校长对枣的行动以及鸣海的行为有了关注，意欲惩罚他们…
46——50话
圣诞节前，大家为枣补过了生日。圣诞晚会的筹备过程中，蜜柑认识了危险能力系的公主，拥有冰之爱丽丝的中等部学生野蔷薇，两人成为好友。
圣诞晚会中，为了让想与bear 玩耍的小阳开心，蜜柑代替bear打扫会场。小阳感激地亲了蜜柑的左脸，流架为蜜柑的善良打动，情不自禁地吻了蜜柑的右脸，并告诉蜜柑这是属于两人的秘密。
另一方面，persona对鸣海的右手使用了他的爱丽丝，并传达了校长的话（背叛者的下场，必会走上毁灭一途。）
化妆舞会开始，蜜柑与流架相处尴尬，枣看出端倪，流架将枣与蜜柑推到一起跳舞，蜜柑跌倒在枣的身上，两人的唇碰到了一起。
传说在跳舞中，面具掉落会失去最重要的东西。舞会继续，一个看似与蜜柑年龄相仿的男孩邀蜜柑共舞，跳舞中蜜柑的面具掉落，男孩告诉蜜柑要小心不要失去重要的东西，蜜柑听后情绪低落。
郁闷的蜜柑一个人爬到了圣诞树上与枣相遇，蜜柑激动之余向枣倾诉，枣以他的方式鼓励蜜柑，并追问她与流架之间是否有事情并吻了蜜柑。
51——52话
在大扫除的日子里蜜柑精神恍惚，流架和枣也产生芥蒂。神野将三人安排到一起。停电了，黑暗中的蜜柑十分害怕，体贴的枣和流架坐在她的两边，悄无声息地每人握住她的一只手。在看到彼此的举动后，两人误会消除。
心系蜜柑的野蔷薇冒着大雪来到初等部，野蔷薇告诉枣舞会那天她认出摘掉面具的人正是初等部的校长，提醒枣小心，另一方面，鸣海老师手上的伤恶化…
53——56话
新年伊始，蜜柑过了一个难忘的生日。小莹得到了中等部校长的年会——花园会邀请函，中等部校长的身份是个谜，传说她有一个特殊的癖好，见到喜欢的女生就会禁锢起来，听到这个消息后枣变色…
在翼的恶作剧下，流架抱着小阳和小莹的身体粘在一起，蜜柑也和枣粘在一起。这时从蜜柑的红包中掉出花园会的抽选球，原来蜜柑被选中将与小莹一同前往花园会。
身体粘在一起的同学纷纷恢复原状，可小莹三人却没有分开。原本蜜柑和枣也分开了，但枣依旧抓住蜜柑的手威胁她说两人粘在一起，蜜柑吃惊！
鸣海询问中等部校长是否还可以参加花园会的新年聚会，中等部校长同意，打扮好的一行人来到花姬殿，野蔷薇看到枣后立刻提醒蜜柑快带枣离开。
57——58话
能够参加花园会的女生被称为花姬，小莹、流架和枣均受到花姬们的热情欢迎，但是其中两名花姬不满蜜柑和小阳来参加豪华高雅的花园会对蜜柑十分苛刻。首席花姬，技术系的总代表山之内静音意欲加以提醒，却被一直冷眼旁观的中等部校长拦住。
独自的蜜柑十分寂寞，枣以他的方式安慰她。并趁中等部校长不在之际悄悄潜入了花姬殿的地下室…
蜜柑和小阳被两名花姬骗到偏殿，小阳吃了前一晚在小莹处偷拿的格列佛糖果变成13岁模样，众人赶到，看到变大的小阳踹破门后大吃一惊。
山之内静音惩罚了两名花姬并告诉四人这次抽选球以及让枣来参加别有目的，并说出可能于persona有关，担心枣安危的四人也追了上去…
59——61话
花姬殿地下，枣面前出现了同为危险能力系的惩罚部队，诅咒爱丽丝的瑠依、能够操纵空气的飒以及虫爱丽丝的八云，奉persona的命令惩罚枣，原来枣有一个妹妹，叫葵，一直以来葵被初等部校长当作人质以此要挟枣，枣怀疑小葵就被关在花姬殿中，因此来参加花园会意图寻找小葵，不想这正是persona的计策，persona一早就知道枣的目的打算将他永远囚禁在花姬殿中。
persona派飒去对付四人，枣一边担心一边对战。
飒在看到小莹的容貌后对其一见钟情。瑠依赶到，眼看四人面临大危机，关键时刻，翼出现并用影子爱丽丝救了众人。
原来野蔷薇在看到枣进入花园会后去找翼要他去帮助蜜柑。而翼脸上的诅咒标记正是当初瑠依的杰作，瑠依向众人说出枣将受到永远禁锢的惩罚，为了救枣，蜜柑、小莹和流架先行离开。
三人继续前行，流架向蜜柑和小莹讲述了他和枣的相遇以及为什么会来到爱丽丝学园的经过。
62——66话
得知学园将小葵禁锢并以此要挟枣进入危险能力系工作的经过后，蜜柑和小莹愤怒不已，誓要将枣救出，三人分头寻找，蜜柑无意中见到小葵。小葵失去记忆，双目失明，蜜柑将小葵带出与枣汇合。
枣正与野蔷薇对战，原来野蔷薇拥有双重人格，平时温柔的她只是性格的一面，还有一面就是战斗性格，在persona 的暗示下，她会变成没有任何感情的玩偶。看到野蔷薇冰冷模样的蜜柑吓了一跳，恢复原样的野蔷薇丢下任务逃走，persona现身。
67——68话
现身后的persona 用自己的爱丽丝惩罚众人，关键时刻小葵恢复记忆， 蜜柑使出自己的无效化不敌身受重伤。
小葵出面劝说persona，persona不听劝告要将小葵也打倒，蜜柑再次使出无效化爱丽丝振碎了persona的耳环，这个耳环是蜜柑的父亲送给persona的，persona脸上恢复了丑陋的面容。击败了瑠依和飒的翼和小阳赶到，在看到身受重伤的蜜柑后焦急地带着众人逃离。
69——70话
殿将众人带往高等部樱野和小莹哥哥的学生会室请求两人帮忙。
第二天，初等部校长召集所有初等部教师下达追查蜜柑一行人的命令，樱野和小莹哥哥将一行人藏匿起来，大家决定将事件公开以获得学生们的同情对学园施压。小葵已经没有爱丽丝，学园规定，没有爱丽丝的学生是不能留在学园内的。此事一出，引起了全校学生的热烈反应，学生们聚集起来要求学园解释，学园方面只得公开说明替小葵治疗眼睛后就将其送回家里，也保留了一行人的处罚，事件逐渐平息。
小阳也被送进了医院，原来在糖果的副作用下使他变成了可以随意变大变小的体质。
71——76话
学园的生活恢复平静，枣向流架说出自己决心保护蜜柑，流架也说出了自己喜欢蜜柑，并回忆起枣在见到蜜柑前过的痛苦日子，更加意识到是蜜柑让枣看到了希望和光亮。
在全班试做爱丽丝石的课上，蜜柑制作出了自己第一个爱丽丝石，并将它送给了枣。第二天清晨，蜜柑在自己的窗前发现了一颗红色的爱丽丝石，激动地左看右看。
情人节到了，女生们情绪激昂，男生则个个表情痛苦，蜜柑也将自己做的巧克力送给大家。
77——78话
自从放假以来，枣常常不在学园。新学生会长就任，是体制系的总代表五岛圣，他公布了学园的新通知，学园决意成立风纪队，对学生们日常言行加以严管，这都是初等部校长的意思。
流架找到了连日来一直不见踪影的枣，原来枣又回到了危险能力系，枣向初等部校长提出，自己愿意继续为他工作，但条件是不要惩罚蜜柑。
不知这一切变化的蜜柑回到了特里系的教室，他告诉殿，自己的班里来了三个教育实习生，是樱野、小莹哥哥，以及三之内静音，这使得殿非常惊讶，原来初等部校长找到殿，要他监视樱野和小莹哥哥，而蜜柑的班上也要转来新的学生。
转学生叫小泉月，十分柔弱，小泉告诉大家她是只要使用爱丽丝就会缩短寿命的类型博得大家的同情。
79——80话
鸣海提出让小泉代替蜜柑成为枣的搭档。蜜柑和大家一起迎接体育祭，准备过程中突然出现骚动，小泉趁乱将蜜柑带走并威胁她。
小泉诬陷蜜柑是骚动的祸首，蜜柑沉默，被风纪队带走，小莹不顾鸣海的阻止去追蜜柑，流架和枣见状也追了出去。
另一个风纪队员赶到将蜜柑带走，无人处，队员露出真实面目并提醒蜜柑小心，蜜柑惊讶地发现他正是现任学生会会长五岛圣。
81——83话
五岛告诉蜜柑，自己是奉命救她的，蜜柑困惑。其实对五岛下命令保护蜜柑的是高等部校长。另一方面，小莹三人被半路碰到的翼拦住。原来翼已经秘密地转入危险能力系，他和枣一起为初等部校长的新任务行动。翼着力隐瞒是不想让蜜柑觉得愧疚。他们在学园外搜查柚香的踪迹，大家都知道柚香就是蜜柑的母亲，只有蜜柑自己不知道。
84——86话
体育祭开始，中午休息时间，枣看到蜜柑和流架一起吃便当心里很难过，为了躲避，枣随意拿起地上的面具遮住脸，却不曾想被误会成借物赛跑的跑者被抓去比赛。
在借物赛跑中枣再一次表明心迹，看到天空中“喜欢的人”四个字，蜜柑呆呆地回味着枣的背影……
87——88话
最后的比赛骑马打仗开始，大家突然都对蜜柑冲过来，情急之下蜜柑爆发爱丽丝使得大家恢复，这一举动立刻引起初等部校长的注意。
另一方面柚香获息，初等部校长为了引她利用蜜柑，柚香担忧。柚香看到小泉的照片认出小泉就是当初与自己同班的吸魂爱丽丝，小泉不仅可以吸取对方少许的魂加以控制，还可以吸魂过量而导致对方死亡。
89——90话
班上的同学们知道了一直以来是小泉在操纵大家诬陷蜜柑，纷纷同蜜柑握手言和。枣在班里成了孤立状态。
鸣海的伤越来越重，岬老师质问鸣海, 鸣海说出初等部校长给他的任务，让蜜柑利用盗窃爱丽丝帮他取出身上的毒来证明蜜柑拥有盗窃爱丽丝。鸣海猜想当年柚香一定是从初等部校长身上偷走了什么东西，才使得校长这么对年来一直追查她，他怕校长会对利用玩后的柚香和蜜柑不利。
而蜜柑自己也察觉到自己身上潜伏着第二种爱丽丝……
在体育祭之后出现了一些专找风纪队麻烦的学生，在使用“随机交换灵魂香薰”作弄风纪队时，香薰飘进了B班教室，使得当时在场的大家灵魂均互换……
外表是蜜柑的小莹碰到了小泉，小泉以为她是蜜柑，告诉她拥有盗窃爱丽丝的代价是身边的一个重要的人将要消失，这个人就是小莹！
91——93话
大家陆续恢复，班长在枣的体内察觉枣的身体状况，将自己的忧虑告诉蜜柑。
bear的灵魂没有恢复，蜜柑碰到枣，迷糊地认为他体内就是bear的灵魂后将其铐住，并将自己对枣的担忧告知，得知蜜柑担心自己枣握住了蜜柑的手，蜜柑察觉，枣告诉蜜柑自己不会离开，蜜柑安心……
鸣海痛苦地从树丛中现身，蜜柑吃惊，蜜柑将鸣海手上的伤治好，鸣海恢复，抱住蜜柑心五味陈杂……
蜜柑为鸣海治疗的情景被bear 看到，盗窃爱丽丝曝光，在初等部校长的推波助澜下，中等部的学生发起追赶蜜柑的行为，bear救了蜜柑，两人成为好友!
94话——
初、中等部共同开设的游泳课上，蜜柑看到独自坐在一旁的枣很担心。
下课后，小莹哥哥将不会游泳的小莹留下，其实小莹会游泳，只是在自己的腿上贴了旱鸭子贴布，小莹坦言，就如同她知道哥哥有秘密一样，她也有秘密，也说出她其实知道哥哥的改变一定有理由，小莹哥哥问小莹究竟发生了什么事情，小莹没有回答，看着小莹的背影，小莹哥哥陷入沉思。
天空下着雨，看到蜜柑拿着雨伞依旧在等她，小莹欣慰地笑了……
95——96话
蜜柑做了一个预知的梦，梦里小莹被初等部的校长叫去，翼在执行任务的时候失踪，柚香也悄悄潜入了学园……
没想到第二天，她梦中的情景都变成了现实，这才知道翼转到了危险能力系！
晚上，蜜柑回到自己的房间一个人痛哭起来，枣从窗户处出现，他告诉蜜柑感觉到她在哭泣来探望她，月光下，两人拥抱在一起，枣告诉蜜柑，自己一定会将翼找回来！
偷潜入学园的柚香告诉高等部校长，为了不让蜜柑走上和自己相同的路，自己要带蜜柑走。
蜜柑被初等部校长陷害被风纪队抓住，初等部校长告诉蜜柑，她将成为危险能力系的新成员。
鸣海得知后赶忙赶去，蜜柑当众将小泉的爱丽丝以爱丽丝石的形式偷了出来，校长笑着说她这次是逃不掉了！
就在蜜柑陷入重重围困时，一直在身边伪装身份的枣现身了……
97——98话
关键时刻，野蔷薇用冰困住了初等部校长一行人，枣拉着蜜柑逃跑，大家都出来帮忙。
鸣海让枣带着蜜柑跑到花姬殿地下室，并告诉蜜柑他要带她逃出学园。
枣紧握蜜柑的手，背对着问她是否会跟鸣海到外面去。枣告诉蜜柑，自己拖着她的手带她来，不会把他握着的手交给别人。蜜柑眼泛泪光。
山之内静音出现，并将他们带到中等部校长的面前。中等部校长告诉他们她不会通知初等部校长，并说出初等部校长先前已决定把小莹以特别研修生的身份派往外国研究所，要她无限期留在那儿，流架也已失踪，蜜柑和枣听后担心不已。
神野帮助鸣海脱困并将他带到高等部校长室。而另一边，飒从风纪队员中救出小莹，背着昏迷的小莹也逃向花姬殿。
99——100话
山之内静音出现，将小莹和飒也带到中等部校长的面前，蜜柑和小莹汇合。
中等部校长察觉到蜜柑身上所带的樱野所送的爱丽丝石正在发光，告诉她这正是樱野在召唤她，只要她愿意，可以直接借用爱丽丝石的力量到达樱野的面前。蜜柑照办，带着枣和小莹一起瞬间转移，而樱野所在的地方，正是高等部校长的办公室。在那里，高等部校长，樱野，昂，鸣海老师，神野老师都在那里等着他们。
野田老师带着流架赶到，四人团聚。高等部校长告诉蜜柑，他其实是蜜柑的伯父，希望她能跟着亲生母亲柚香一起逃出学园，蜜柑不允。
大家告诉蜜柑，初等部校长想得到她的偷窃爱丽丝，这是比什么都严重的事情。枣对他们的建议提出质疑，他要他们解释这一切，而且要亲自判断蜜柑交给柚香是否合适。于是，高等部校长让野田用爱丽丝带四人回到过去
番外篇
简介：此篇主要讲了小时候的蜜柑与爷爷之间的种种。
第101话
简介：蜜柑等人回到过去之时柚香冲了出来想拦住他们，结果没有赶上。柚香说：“突然觉得不出来不行，我有种预感，再也见不到她了。”野田老师说出蜜柑的父亲原本是特力系的老师。在时空隧道里，蜜柑等人看到了五岁的柚香。此时柚香的爱丽丝为瞬间移动。盗窃爱丽丝是第二爱丽丝。柚香的父母抛弃了柚香，为了补助而把柚香送进了爱丽丝学院。
第102话
简介：时间向前推移，蜜柑等人来到了柚香十岁的时候。十岁，是柚香与蜜柑爸爸相遇之时。蜜柑爸爸与高等部校长之间的相处方式真是很脱线....野田老师说出高等部校长的爱丽丝是长生不老的爱丽丝和爱穿别人爱丽丝的爱丽丝（真绕）。蜜柑因为看到爸爸而留下了眼泪。此时，柚香正在爬墙想逃出爱丽丝学院，被蜜柑爸爸撞见。
第103话
简介：此时，柚香十岁蜜柑爸爸22岁。蜜柑爸爸正在哄柚香下来。二人间的对话，蜜柑爸爸：“小姐，内裤被看光了喔，很丢脸哟。”柚香：“丢脸的是你的脑袋吧，真像个笨蛋。假惺惺的色情教师。”蜜柑爸爸因为生气所以大变脸，将柚香批评一通，并将柚香连梯子带人一起搬走。野田老师说出蜜柑父亲原本是暴走族的总长。之后是蜜柑爸爸的种种脱线行为。还看到了19年前的初等部校长。柚香再次逃走，蜜柑爸爸赶到现场却看见柚香被学园围栏的电击击倒。看到蜜柑爸爸，柚香欲逃走，却被蜜柑爸爸用东西打翻在地。最后，柚香说出自己是因为父母长时间没有来信而担心父母的身体所以想出去看看。
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