赣南地区历史悠久，早在四五千年前就有先民在此繁衍生息，历史可以追溯到“开化远于唐虞”的时期。在春秋战国时期，赣南先后属于楚、吴、越，后来又属于楚国。秦朝统一六国后，秦始皇帝二十六年（前221年），将赣南纳入九江郡。三十三年（前214年），秦军五路征战五岭，其中一路守卫庾岭界，设置南壄县，隶属九江郡，这是赣南建立政权之始。
汉高祖元年（前206年），南壄县属楚。四年（前203年），九江郡改为淮南国，南壄县归属淮南国。五年（前202年），汉灭楚，赣南开始隶属汉朝。六年（前201年），设置豫章郡，治所南昌，辖18县，其中赣南3县隶属豫章郡：南壄县（辖今南康、大余、上犹、崇义、信丰、龙南、定南、全南等地）、赣县（辖今章贡区、赣县、兴国等地）、于都县（辖今于都、宁都、石城、瑞金、会昌、安远、寻乌等地）。其中赣县、于都县为新增设县。
西汉末年（9~23年），豫章郡改为九江郡，赣南3县隶属九江郡。东汉建武元年（25年），九江郡复名豫章郡，南壄县改为南野，赣南3县仍隶属豫章郡。兴平元年（194年），分豫章郡置庐陵郡，赣南3县隶属庐陵郡。三国·吴嘉禾五年（236年），析庐陵郡置南部都尉，治于都。领于都、赣县、平阳（由赣县分出，即今兴国）、阳都、揭阳（析于都白鹿营地置阳都；析阳都陂阳地置陂阳县，随后改为揭阳）、南安（由南野分出，约辖今南康、信丰、龙南、定南、全南等地）、南野（约辖今大余、上犹、崇义等地）7县，为赣南设立市一级行政机构之始。
晋太康元年（280年），改南安为南康，改阳都为宁都，改平阳为平固。三年（282年），罢庐陵南部都尉，置南康郡，治于都，将南野并入南康领6县。五年（284年），改揭阳为陂阳。十年（289年），赣县移县治于葛姥城（今章贡区虎岗一带）。元康元年（291年），南康郡改属江州都督府。永和五年（349年），郡治从于都迁至赣县（章、贡两水间，今章贡区）。
南北朝梁·大宝元年（550年），南康郡地大余改属广东东衡州始兴郡。陈·太建十三年（581年），大余改隶广东东衡州安远郡。隋开皇九年（589年），改南康郡为虔州，隶洪州总管府。平固并入赣县、南野并入南康、虔化并入宁都。十三年（593年），陂阳县设石城场，并入宁都。虔州领4县：赣县、于都、南康、宁都。
唐贞观元年（627年）分天下为十道，虔州隶江南道，辖县如前。永淳元年（682年），析南康东南地复置南安县（约辖今信丰、龙南、定南、全南等地），虔州领5县。神龙元年（705年），复置大余县，虔州领6县。天宝元年（742年），南安改名信丰县，并分出原南安地置百丈泉，后改虔南镇。贞元四年（788年），分出于都三乡和信丰一里复置安远县，虔州领7县。天祐元年（904年），从于都县分出象湖镇置瑞金监。
五代十国后梁·开平三年（909年），虔州属梁。四年（910年），以虔、韶2州置百胜军；南唐·升元元年（937年），改百胜军为昭信军，虔州属之。乾化元年（911年），析南康县地置上犹场。保大十年（952年），改上犹场为上犹县，翌年改瑞金监为瑞金县，虔南场为龙南县，石城场为石城县。至此，虔州领11县：赣县、于都、信丰、南康、大余、虔化、安远、上犹、瑞金、龙南、石城。
宋开宝八年（975年），改昭信军为军州。大平兴国元年（976年），改军州复为虔州，隶江南西路；七年（982年），从赣县分出潋江镇7乡及庐陵泰和部分辖地置兴国县，从于都分出县东南6乡于九州镇置会昌县。虔州领大前13县。淳化元年（990年），以虔州原辖南康、大余、上犹3县另置南安军，治大余。虔州领10县，隶江南西路。为赣南分设两个政区之始。
宣和三年（1121年），龙南县改名为虔南。绍兴二如仿胡十三年渣拦（1153年），校书郎董德元以“虔”字为虎头，虔州号“虎头城”，非佳名，奏请改名，诏改虔州为赣州（取章、贡二水合流之义），赣州名始此。同时，虔化县改名为宁都，虔南县复名为龙南。
元至元十三年（1276年），改江南西路为江西行中书省，赣州、南安军隶江西行省。至元十四年（1277年），赣州、南安军分别改为赣州路总管府、南安路总管府。隶属与领县如旧。明明吴二年（1365年，元至正二十五年），赣州、南安两路改为府。洪武十八年（1385年），江西分为5道，赣州、南安2府均属岭北道。成化十三年（1477年），设分巡岭北道于赣州，赣州、南安2府属之。弘治七年（1494年），置南赣巡抚都察院于赣州，称虔院。正德十一年（1516年），置巡抚南赣汀韶等处地方提督军务，辖江西的南安、赣州，广东的韶州、南雄州，湖南的郴州和福建的汀州等州府。正德十二年（1517年），从上犹、南康、大余3县划出部分辖地置崇义县，属南安府，至此，南安府领4县：大余、南康、上犹、崇义。
嘉靖三十六年（1557年），增设分守岭北、岭东、岭南、漳南4道，统于虔院。岭北巡、守两道治赣州，赣州、南安2府隶之。隆庆三年（1569年），从安远、信丰、龙南3县划出部分辖地置定南县，隶赣州府。万历四年（1576年），以安远县原辖寻乌等15堡另置长宁县，隶赣州府。至此，赣州府领12县，南安府领4县。
清顺治十年（1653年）至康熙八年（1669年），先后撤销南赣守抚和巡、守两道。康熙十年（1671年），置分巡赣南道，辖赣州府、南安府。雍正九年（1731年），改分巡赣南道为分巡吉南赣道，增辖吉安府。乾隆十九年（1754年），升宁都县为宁都直隶州，辖瑞金、石城2县，为赣南分设赣州府、南安府、宁都直隶州3个政区之始。同年，改分巡吉南赣道为吉南赣宁兵备道，增辖宁都直隶州。
民国元年（1912年）废府（州）、厅设县，县直隶省
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