主要区别是，意思不同、基本解释不同、引证解释不同，具体如下：
一、意思不同
1、次序
意思是排列的先后。
2、秩序
意思是有条理地、有组织地安排各构成部分以求达到正常的运转或良好的外观的状态。
二、基本解释不同
1、次序
①、排列的先后。
②、安排事物的式样、方式或方法。
③、结果，眉目。
2、秩序
①、次序(秩侧重于有条理、不混乱，序侧重于有先后、不颠倒)。
②、 整齐而有条理的状况。
③、意指在自然进程和社会进程中都存在着某种程度的一致性、连续性和确定性。
④、稳定的、具有可延续性的一种状态。
三、引证解释不同
1、次序
《红楼梦》第五十回：“到底分个次序，让我写出来。”
2、秩序
沈从文 《从文自传·我所生长的地方》：“营泛各位置在驿路上，布置得极有秩序。”
参考资料来源：百度百科-次序
参考资料来源：百度百科-秩序