存在一定区别。
工勤编：行政单位工人占编，虽不能参公，也不能晋升，却可以参照享受公务员应该享受的待遇。司勤人员可以享受车补，养老也不存在问题。
事业编：事业单位工勤人员如果占编，那么事业单位一切福利，包括养老均不成问题，可享受车改政策。只不过，如果单位参公，工人是不能参公的。
2018年事业单位有编制的工勤人员改革
一、行政单位。行政单位才有专门的工勤编制和工勤岗位。不过随着机构改革的推进，工勤人员承担的职能逐渐由社会承担，行政单位的工勤岗位越来越少，工勤编制也是随退随销，成了稀有之物。
二、事业单位。事业单位的编制只有事业编制一种，不分干部编或者工勤编，所有编制通用。事业单位岗位分为管理人员岗位和专业技术人员岗位，工人可以成为管理人员，也可以成为专业技术人员。不过，工人不能提拔为副科级以上管理人员，已经提拔的只能平调，不能晋升。