《坛经》中最主要的思想体现在佛性说、顿悟成佛说和“凡夫即佛”的宗教归宿中。惠能禅宗思想的核心是他的佛性说。佛性在佛教哲学中指的是宇宙的本体，也可称作“如来性”、“觉性”、“真如”等。“佛性”还具有成佛的原因、种子的意思。在本体论上，惠能认为“心”就是“本体”，心外别无“本体”，现实世界的一切都依存于“心”。他认为“凡所有相，皆是虚妄”，只有佛性才是真实的永恒的，并进一步指出佛性是人人本来所具有的，而且是“性常清静”，犹如“日月高明”，“只为云覆盖”才造成“上明下暗”的局面，因而他认为只有除却妄念，拨去云雾，自识本心，直见本性，即可见性成佛。因而他要求人们发挥自我能动性，向自身心中求佛。顿悟还是渐悟，是以惠能为代表的南宗与以神秀为代表的北宗的根本分歧点，二者的争论，集中反映在神秀和惠能所作的二偈（佛家所唱诗句）中。神秀所作的偈为：“身是菩提树，心如明镜台，时时勤拂拭，莫使染尘埃。”即渐悟才能成佛。惠能所作的偈为：“菩提本无树，明镜亦非台。本来无一物，何处惹尘埃。”
他认为“一切万法不离自性”，世界上万事万物都在人的本性中，人心就是万有的本体，人性本来就是佛性。只要人能领悟这一点，就根本不会受世俗杂念的影响，也用不着念经修行，就能“顿悟”成佛。惠能反对坐禅的方法，他认为禅定的目的，是通过“静其思虑”、“静中思虑”的办法，把外物化为心灵的幻想。表面上看废除了禅定的修行方法，而实质上却扩大了禅定的修行范围。但惠能也并不完全否定渐修。他认为佛法无顿渐之分，只有顿悟一路才能成佛，但人有利钝、有迷悟之分，“迷则渐劝，悟则顿修”，即对于愚迷之人还是要先藉渐劝，才能最后达到顿悟。惠能的禅宗在理论和方法上论证：“佛”不在遥远的彼岸，就在你“心”中。只消在认识上来个突变，你就“顿悟”成佛。“成佛”以后，一切还是老样子，“人境均不夺”，但你却变成了 “解脱”了的“自由人”了。这样一来，佛和众生的区别，只是“一念之差”；现实苦难世界和彼岸安乐佛土的距离，只有一纸之隔。对于压迫者来说，“放下屠刀，立地成佛”，而且“不放屠刀，也可成佛”。因为成佛以后“不异旧时人”，只要不被诸境迷惑，照样能为所欲为。对于被压迫者来说，丝毫不必“借相外求”，以求改变现状，只消一转念，烦恼变成了菩提（觉悟后的境界），苦难世界就会变成了 “清净佛土”，就在“披枷带锁'中成了“自由人”了。
佛性思想是慧能的基本思想，也是《坛经》的理论核心。所谓佛性，也意译为如来藏性、如来性、觉性等原指佛陀的本性，后来发展为众生觉悟之因，众生成佛的可能性，这是中国佛教界对佛性的最一般的理解。在《坛经》中，慧能有时将佛性称为性、心、心性、本性、自性、法性、真如等，这些词其义相同，都是指佛性。关于佛性首先他认为：人人皆有佛性，皆可以成佛。慧能继承发扬了竺道生一阐提人皆得成佛的佛性理论，旗帜鲜明地宣扬“人人皆有佛性，皆可以成佛”的思想。这一思想在他第一次参见五祖弘忍时，就明确地表白出来了“人虽有南北，佛性本无南北，猲獠身与和尚不同，佛性有何差别?”这一番不同凡响的回答，强调了佛性人人具有，在成佛面前众生平等。此后慧能在说法中反复强调这一思想，在一部《坛经》中表达这一思想的论述也俯拾皆是。
《六祖坛经》，亦称《坛经》、《六祖大师法宝坛经》，全称《南宗顿教最上大乘摩诃般若波罗蜜经六祖惠能大师于韶州大梵寺施法坛经》，是佛教禅宗六祖惠能说，弟子法海集录的一部经典。 《六祖坛经》记载惠能一生得法传法的事迹及启导门徒的言教，内容丰富，文字通俗，是研究禅宗思想渊源的重要依据。《坛经》可分三部份，第一部份即是在大梵寺开示"摩诃般若波罗蜜法"。
第二部分，回曹溪山后，传授"无相戒"，故法海于书名补上"兼授无相戒"。第三部分，是六祖与弟子之间的问答。《六祖坛经》是中国佛教著作唯一被尊称为"经"者。现有明清诸藏本、房山石经本及元代僧人宗宝在至元二十八年(1291年)校仇三种《坛经》异本，而成为宗宝本《坛经》，即后来的明藏本，流行七百多年，故又称流通本。
