朱棣发动靖难之役，攻下了南京城，杀了一大批建文帝时期的臣子，其中最重要的就是朱元璋留给建文帝的三个肱骨辅佐之臣：齐泰、黄子澄、方孝孺。朱棣连一半的侍郎都杀，更何况这三个呢。
至于方孝孺的死有各种说法，这就很有意思了，仔细查找这些方孝孺之死的出处，我们就能很清楚这些说法的用意。
流传最广的说法就是方孝孺被捉后，朱棣要求他起草登基诏书，方孝孺不但不从，反而蔑视朱棣，朱棣大怒，要诛其九族，方孝孺怼了回去：“诛我十族又如何！”，朱棣一怒之下就诛了方孝孺的十族。
第一种说法源于明朝嘉靖年间的一本小说，上面不但记录了朱棣与方孝孺的详细对话，而且连方孝孺的哪十族都有详细的记录，这基本是不靠谱的。首先时间来看，朱棣死后，明仁宗朱高炽登基，大赦建文罪臣，唯独没有提及方孝孺，更没有说到方孝孺十族被诛的事情，这就很清楚了，被诛十族就是个没根据的说法。
后世文人为彰显明朝士子文人的风骨刻意美化方孝孺，历朝历代都有，明朝更甚。
第二种说法来源于《明史》，同样是说朱棣要求方孝孺起草登基诏书，方孝孺拒绝，遭到了朱棣的杀害。
这种说法还具有可信度，至少删除十族被诛的情节。《明史》是清朝官方编撰，清朝官方历来对明朝的很多史实都进行了篡改，这是公认的事实，如果方孝孺被诛十族确有其事，清朝史官那还不大书特书，以达到抹黑明朝皇帝的目的。
连清朝官方都没有采取“被诛十族”的说法，说明这种说法就纯粹是民间野史，传闻杂说。
第三种说法出自《明太宗实录》，朱棣对建文帝的三个辅佐大臣，丝毫没有客气，直接下令处死。杀方孝孺的原因也没有那么多说法，罪其三人怂恿、挑唆建文帝肆意妄为，不但没有对建文帝起到辅佐的作用，反而扰乱朝纲。
这种说法前部分是真实的，朱棣毫不客气杀了三个建文帝的肱骨大臣，后半部分就是明朝史官为朱棣脸上贴金了，窃国大盗总是要粉饰龌蹉的行径。
这个说法应该是相当的靠谱，《明太宗实录》是记录皇帝的实时记录，在时间上几乎是当天发生当天记录，其次作为皇宫内的史官记录皇帝的日常行为，必须保持其真实性，所以，方孝孺的被杀的真相基本就是如此。
那么，方孝孺该不该杀呢？该杀，无论是建文帝还是朱棣都会杀了他。
方孝孺、齐泰、黄子澄三人对建文帝只有忠心，其他都是一无是处，特别是对建文朝的削藩策略起了极坏的作用，建文帝被颠覆，他们三人要负主要责任。作为肱骨之臣，没有认清朝廷局势和藩王的反弹，一意孤行，执意快速削藩，逼反了朱棣，只此一点，就该杀。
朱棣为什么一定要杀方孝孺呢，就是因为姚广孝评价他的那句话：杀孝孺，天下读书种子绝矣。
方孝孺在读书人心里是一座丰碑，在士子、文人心里地位很高，如果他不能被朱棣所用，那么他带来的负面影响将非常的大，文人士族在民间影响和对朝政的影响都是无形的。朱棣杀方孝孺既是对天下文人一种震慑，也是向天下人展示自己强硬的决心。
方孝孺只是一个卓有成就的读书人，他根本不具备一个政治家的能力，他的死既是读书人的悲剧，更是一种必然。