1958年前，木帆船由曹娥江口逆水行驶，经上虞可直达嵊州长乐和新昌县城。后以上游水土流失，河道淤塞，航运里程缩短。至20世纪80年代初，干线航道机动船尚可通达上虞章镇，木帆船只能通到嵊州；支流澄潭江、长乐江、新昌江、黄泽江、小舜江、里东江、范洋江均不通航。20世纪80年代中后期，在曹娥江挖掘建筑用沙，起到疏浚作用，河床加深，机动船可达嵊州嶀浦，干流通航里程71.8公里。曹娥江嵊州嶀浦至上虞章镇段，干流航道长7.4公里，河道弯曲，河床较高，船只通航较少。曹娥江上虞章镇至曹娥镇段干流航道长31.5公里，河床宽100至600米不等，坡降0.77%，平均水深1至2米，底宽10至50米，常年通航20至40吨船舶。曹娥江上虞曹娥镇至柯桥区三江闸河段，干流航道长32.9公里，为感潮河段，平均水深4至5米，浅滩处0.3至1.5米，一般通航10至20吨船舶。曹娥江上虞区境段支流航道工程，建国后多次实施改造。主要有：斗马泷上方建导流坝，利用洪水冲击沙滩，形成200米长航道；百官至沥海河道，由1.0米拓宽至20米，通航能力从5吨提高到15吨；新开百官至崧厦河道13.33公里，连通前倪村，形成长22.71公里的百倪航道，通航能力10至20吨级；还先后疏浚百官至前江河、百沥河、盖沥河等7条支流航道，总长68.2公里。
沥海港，位于曹娥江入海处，为历代重要海港。明代驻兵防守，明洪武二十年（1387），信国公汤和在上虞区西北70里建沥海所城，收纳厘金税，“凡为货皆须输捐”。
新埠头港，位于曹娥江下游，绍兴马山、孙端外江与内河衔接点，江面宽阔，风浪较小，历史上很早就有海帆进出。明朝中叶，海岸线北移，三江应宿闸建成，新埠头港成为绍兴唯一出海港口。海运物资以食盐、咸卤、鱼鲜、粮食为主，运出物资以毛竹、木材、基建材料、酒酱为主。其海上航线，向南上溯曹娥江可到百官，向北出曹娥江口至杭州湾，转东可到庵东、舟山、嵊泗；向西过鳖子门可到杭州富阳，向东北可到乍浦、上海等地。进出船只多为20至50吨级3至5道风帆船。该港自19世纪50年代逐渐衰落，至60年代中期湮废。
曹娥港，位于曹娥江中游的上虞曹娥街道，紧靠杭甬铁路和杭甬公路，浙东运河穿越港区。该港经济腹地为上虞区和嵊州三界区。出口物资以曹娥江黄沙为主，年吞吐量达百万吨以上。港区总面积8.15万平方米，其中陆域2.13万平方米，水域6.02万平方米，岸线长0.74公里，仓库380平方米，堆场8860平方米，总吞吐量148万吨。民国时期，港区有码头12个。1958年，曹娥江边建造新码头。1989年有码头120个。曹娥三角站码头岸线长650米，日吞吐量1500吨。 五丈岩水库，位于磐安县玉山台地，距尖山镇1公里，所属河系是曹娥江流域澄潭江上游夹溪，是一座以发电为主，结合防洪、灌溉、水产养殖等综合利用的中型源头水库。水库于1969年11月动工，1980年完工。大坝为粘土心墙土石混合坝，最大坝高46米。水库集雨面积106.2平方公里，主流长度16.7公里，总库容2163万方，正常库容1658万方。枢纽建筑物由大坝、正常溢洪道、非常溢洪道、发电输水隧洞、一级电站、二级电站、南北扬水管及南、北、西三套灌溉渠道组成。水库库容2590万立方米，灌区有尖山、玉山、万苍3个乡镇。
南山水库，坝址位于嵊州长乐镇以南4公里的南山江上，控制集雨面积109.8平方公里，占长乐江流域面积12.7%，总库容10500万立方米，兴利库容6987万立方米，防洪库容4545万立方米，为大（二）型水库。以灌溉为主，兼顾防洪、发电。水库于1958年6月动工，1980年完工，大坝高72米（为省内最高土坝），坝顶长242米。电站装机3750千瓦。水库可灌溉嵊州南山、长乐、石璜、甘霖、临城等区24个乡（镇）的农田8.9万亩，防洪受益农田5.1万亩。
剡源水库，坝址位于嵊州长乐镇的长乐江支流城江上。集雨面积52平方公里，总库容1001万立方米，兴利库容750万立方米，防洪库容340万立方米，以灌溉为主，兼以防洪、发电。1958年9月动工，1962年5月初步蓄水受益。1972年扩建，1976年起按2000年一遇防洪标准开挖非常溢洪洞，加高大坝，1979年5月竣工。共完成土石方64.1万立方米，混凝土和砌石0.54万立方米，国家投资166.7万元，投工78.8万工日。大坝为黄土心墙砂壳坝，高41米，长147米，灌溉面积1.05万亩。电站装机650千瓦。
辽湾水库，坝址位于嵊州市长乐镇的长乐江支流大昆溪上。集雨面积40.4平方公里，总库容1150万立方米，兴利库容688.5万立方米，防洪库容635万立方米，以防洪为主。1972年4月动工，1977年夏拦洪受益。1982年底按5000年一遇保坝标准竣工。共完成土石方136.3万立方米，混凝土和砌石2.1万立方米，国家投资661.6万元，投工361.7万工日。大坝高63米，长244米，为粘土心墙堆石坝。防洪保护面积3000亩。电站装机1260千瓦。
长诏水库，坝址位于新昌县羽林街道长诏村以上1公里处，控制新昌江集雨面积276平方公里，占其流域面积的51.6%，总库容18648万立方米，兴利库容13640万立方米，防洪库容9550万立方米，为大（二）型水库。工程以防洪为主，结合灌溉、发电，受益范围涉及新昌、嵊州、上虞3县（市、区）。水库始建于1958年7月，原设计为土坝，后因财力、劳力不济停建，仅打通导流隧洞。1972年11月复工，1979年3月29日封孔蓄水，1982年10月24日，通过省水利厅组织的竣工验收。大坝为细骨料混凝土砌石重力坝，坝顶高程140米，宽12米，长211米，最大坝高68米。电站装机6000千瓦。水库设计防洪面积13.04万亩，灌溉面积29.02万亩。嵊州中干渠延伸至浦口及上虞上浦引水灌溉工程建成后，其实际灌溉面积已超过50万亩。
巧英水库，坝址位于新昌巧英乡巧英村东南的黄泽江上。集雨面积46平方公里，总库容2760万立方米。兴利库容2000万立方米，防洪库容760万立方米，以灌溉为主，结合防洪与发电。1974年4月动工兴建，1980年12月建成。干渠自水库沿新昌江、黄泽江分水岭至西郊乡，全长51公里，有“新昌红旗渠”之称。灌溉面积3.86万亩，水库电站装机1260千瓦。下接总干渠。
门溪水库，坝址位于新昌回山镇望龙岗脚的门溪江上。集雨面积38平方公里，总库容2131万立方米，兴利库容1856万立方米，防洪库容1216万立方米，该库在丰水期蓄水，在枯水季节发电，以承担该县电网部分峰荷，并增加下游梯级电站发电量。1984年动工兴建，1989年5月11日封孔蓄水。大坝为双曲拱坝，高49.84米，坝顶长143.6。电站装机2×1600千瓦。1989年12月16日，跨流域的后溪引水工程建成，引水面积12平方公里，引水隧洞全长1.3公里，多年平均引水量484万立方米。 上浦闸，位于上虞上浦镇境内曹娥江干流上，为上浦引水灌溉工程枢纽设施。作用在于御咸蓄淡，拦截曹娥江天然径流与长诏水库下泄水量，引水至虞北平原及四十里河区，受益农田31万亩。旱情严重时可经岑仓闸、牟山闸向余姚市、慈溪境内输送水量，人称“泽被三邑，福滋万代”。闸1977年9月动工，1979年7月竣工；引水总干渠1981年7月竣工。总投工398万工日，国家投资877.31万元。工程初步设计由华东水利学院等单位负责，技术设计由绍兴地区水利水电勘测设计室和上虞区水利水电勘测设计室联合承担。闸型初步设计定为蝶型门，后改为提升翻板门。上浦闸主要水工建筑物有：漫水闸、过水堰、引水闸、船闸。漫水闸设17孔，单孔净宽6米，总净孔宽102米。闸底高程0.60米，门顶高程5.70米。各孔设提升式翻板门，台式行车启闭。闸基垂直防渗采用砂浆板桩封闭，为国内大型水闸中首次应用。过水堰顶高程6.10米，宽29.1米，长180米。船闸长135米，宽12米。引水闸设4孔，总净孔宽16米。上浦闸最大泄流量6100立方米每秒，其中漫水闸泄流量2440立方米每秒，余量经过水堰和滩地下泄。引水总干渠全长13.6公里，最大引水流量50立方米每秒。关闸时正常蓄水量1960万立方米。
浙江省曹娥江大闸枢纽工程，是国家批准实施的大（I）型水利项目，是中国第一河口大闸，是浙江省“五大百亿”工程浙东引水工程的重要枢纽，也是绍兴大城市建设的重大基础设施项目。工程主要建设内容包括挡潮泄洪闸、堵坝、鱼道、导流堤、闸上江道堤脚加固、上部建筑工程、环境与文化配套工程等。挡潮泄洪闸共设28孔，每孔净宽20米，总净宽560米，总宽697米，堵坝长611米，导流堤长510米。核定概算125214万元。工程建设任务主要是以防潮（洪）、治涝为主，兼顾水资源开发利用、水环境保护和航运等综合利用功能。它的建成，将起到有效提高曹娥江两岸防潮（洪）和排涝能力，提高曹娥江水资源的利用率，改善杭甬运河航运条件，改善两岸平原河网水环境，改善两岸围垦区的投资环境等作用。工程于2003年10月开始前期工程，2005年12月30日正式开工，2008年12月28日下闸蓄水投入试运行，2009年6月28日全面完成初步设计建设任务，2011年5月27日通过省发改委组织的竣工验收。
曹娥江引水工程，东西向横穿上虞区、柯桥区和越城区，至绍兴市区，再向北汇流入曹娥江，全长26公里，概算总投资4.97亿元。引水口位于上浦闸库区小舜江口，经小舜江、长山头溪通过引水闸进入隧洞，隧洞出口通过箱涵和河道与平水上灶江相连，再经平水东江至南环河，通过在平水东江、平水西江、禹陵江、坡塘江、南池江等河道设置节制闸以调节引水流量。 工程主要包括进口河道、进口闸站、输水隧洞、连接箱涵、出口河道及下游配水节制闸等，总投资4.97亿元，年引水量约2.5亿立方米。工程于2005年10月开工，2010年5月竣工并投入使用。 曹娥江引水工程，也称上浦引水灌溉工程，是曹娥江的骨干水利工程之一，拦截和引灌长诏等水库之水及曹娥江天然径流，这对于缓解虞北平原的农田干旱，以及改善曹娥江及虞北河网的通航条件和挡潮蓄淡，提高饮用水水质等都有较大作用。 2012－2015年，绍兴市根据《浙江省曹娥江流域水环境保护条例》对曹娥江流域内摸排出的680条“三河”（黑河、臭河、垃圾河）全面整治。至2014年，曹娥江干流10个省控及以上断面中，1至3类水质断面8个，4类水质断面2个。与2013年相比，2类水质断面增加了3个，3类水质断面减少了3个。此外，10个断面的高锰酸盐指数、氨氮、总磷平均浓度同比分别下降了12%、12%和22%，曹娥江流域水质总体好转。
