民国时期，《清明上河图》并不在国民政府的控制下，所以并没有随故宫文物撤往台湾。其流散历史如下：
《清明上河图》原为清宫旧藏，在1911年，连同其他珍贵书画一起，被末代皇帝溥仪以赏溥杰（他的弟弟）为名盗出宫外，先存在天津租界内的张园内。
1921年，溥仪以赏赐溥杰为名，将《清明上河图》等文物偷运出宫，由天津转长春伪满皇宫。
1932年，溥仪在日本人扶植下，建立伪满洲国，于是这幅名画又被带到长春，存在伪皇宫东院图书楼中。
1945年8月，第二次世界大战接近尾声，日本侵略者的末日也到了。溥仪和他的日本主子一见大事不好，便乘飞机逃往大栗子沟，伪满皇宫因失火而一片狼藉。混乱之中，有不少人便趁机进宫“抢洋捞”，伪皇宫的大批珍贵之物便在这场动乱中流散到了民间。
1948年，中国人民解放军解放了长春。解放军干部张克威通过当地干部收集到伪满皇宫流散出去的珍贵字画十余卷，其中就有《清明上河图》。
1949年，张克威调到东北行政委员会工作，临行前他将这十余幅卷轴交给了当时开辟东北革命根据地的主要负责人之一的林枫。《清明上河图》经林枫之手进了东北博物馆，后来又调到北京故宫博物院珍存。