大豆蛋白质的性质在蒸煮工艺上主要应用了其水合作用，即其分子颗粒表面的氨基(NH)、羧基(-COOH、亚氨基(NH)等基团有亲水性，与水分结合使大豆蛋白分子成为胶体状态。大豆蛋白质的溶解性和变性作用也在加工工艺中有所体现。蛋白质是两性电解质，所以在酸性、碱性和中性溶液中都能溶解。研究发现大豆蛋白质的最佳溶解环境为
pH值65时，大豆中的蛋白质在水中受到酸、碱、酶的影响发生水解反应生成
氨基酸。大豆蛋白质的变性作用使一些影响因素改变了原来分子的二级、三级、四级结构，肽链形状改变，使其性质或性状同时发生变化
蛋白质分子由众多氨基酸和
肽键构成，大豆蛋白质中氨基酸结构上的R基不同，共有18种氨基酸。一般蛋白质有4个级别的结构，一级结构是肽键结构，如今的研究发现，大豆蛋白质的结构特征表现在二级结构(螺旋体结构)和三级结构(由氢键、
二硫键、疏水键、离子键、
范德华力等构成的复杂结构)。大豆蛋白质的肽链主要是由a-螺旋与β-转角在无序排列下形成的，大豆蛋白质的形状为球形，分子中间为非极性侧链构成的疏水核，表面是由极性侧链构成的，具有较强的亲水性结构。大豆蛋白质分子有一部分不规则的凹陷，具有收纳小分子团的作用。