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首先，基本农田占用需要经过审批，审批通过后才是合法占用；但只要占用就需要缴纳税款，而税款缴纳并不代表合法了，只是针对占用行为征收税款，要合法的话还是必须经过审批才可以的。
其次，基本农田占用需要缴纳耕地占用税和城镇土地使用税（缴纳耕地占用税满一年后）。
第三，耕地占用税实行地区差别定额税率：每平方米5～50元。占用基本农田的，应当按照适用税额加按150%征收。应税土地面积包括经批准占用面积和未经批准占用面积，以平方米为单位。适用税额是指省、自治区、直辖市人民代表大会常务委员会决定的应税土地所在地县级行政区的现行适用税额。
第四，城镇土地使用税主要是针对城市、县城、建制镇和工矿区内的国家所有和集体所有的土地，不包括农村集体所有的土地。城镇土地使用税实行有幅度的定额税率，根据所在地区每平方米税额不同。
附：相关依据
（1）《土地管理法》第四十三条 ：任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；但是，兴办乡镇企业和村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地的，或者乡（镇）村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的除外。
前款所称依法申请使用的国有土地包括国家所有的土地和国家征收的原属于农民集体所有的土地。
（2）第四十四条： 建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。
省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施建设项目、国务院批准的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由国务院批准。
在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次由原批准土地利用总体规划的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。
本条第二款、第三款规定以外的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。
（3）第四十五条 ：征收下列土地的，由国务院批准：
（一）基本农田；
（二）基本农田以外的耕地超过三十五公顷的；
（三）其他土地超过七十公顷的。
征收前款规定以外的土地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准，并报国务院备案。
征收农用地的，应当依照本法第四十四条的规定先行办理农用地转用审批。其中，经国务院批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批；经省、自治区、直辖市人民政府在征地批准权限内批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批，超过征地批准权限的，应当依照本条第一款的规定另行办理征地审批。
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