明朝自公元1368年由朱元璋建立，到公元1644年崇祯帝自缢于景山，历经276年，前后共有16位皇帝，奇怪的是明朝十六帝，北京只有十三个皇陵，缺少三个皇陵。
缺的三人第一个是明朝开国皇帝朱元璋。
其实这也不足为奇，翻开有关明朝的历史我们会发现，开国皇帝朱元璋在建立明朝时，起初选定的都城是南京，朱元璋死后葬在南京的钟山之阳，史称“明孝陵”。
明朝的第二代皇帝建文帝朱允炆，在其叔父朱棣发动“靖难之变”后逃离了南京，最后不知下落，所以他的陵墓更是无从查起。后来有关历史学家分析，他可能是逃到了今天的云贵一带，也有可能是死于那场战乱之中，但终究也没有一个准确的结论，至今仍是明朝历史上的一大悬案。
建文帝因被叔父朱棣以“靖难”为名发兵打到南京，建文帝不知所终。有人说出家当了和尚，有人说纵火自焚了，总之是下落不明，这在明朝历史上是一个悬案，所以建文帝没有陵墓。
明朝的第七位皇帝朱祁钰，是因为明英宗朱祁镇在“土木堡事变”中被瓦刺所俘虏后，在大臣和太后的旨意下才登基称帝的。后来英宗被放了回来，在英宗心腹的策划之下，发动了“夺门之变”，又将皇位夺了回来，而代宗朱祁钰被处死。朱祁钰死后英宗不承认他是明朝的皇帝，所以以藩王的身份将其葬在了北京西郊玉泉山北麓的金山口。
朱祁钰因其兄英宗皇帝朱祁镇被瓦剌所俘，宫中无主，在太后和大臣的旨意下即了帝位。后英宗被放回，在心腹党羽的策划下，搞了一场“夺门之变”，英宗复辟，又坐了皇帝。朱祁钰被害死，英宗不承认他是皇帝，将其修建的陵墓也给捣毁了。而以“王”的身份将他葬于北京西郊玉泉山，即景泰陵。
朱祁钰是明朝迁都北京之后，仅有的一个没有被葬于明十三陵的皇帝，他的景泰陵与十三陵相比就显得十分破败寒酸。
这样，明朝十六帝有两位葬在别处，一位下落不明，其余十三位都葬在天寿山陵区，所以称“明十三陵”。