中世纪大学的特点如下：
（一）拥有比较大的自治权
中世纪大学与古代东西方出现的高等教育机构的最大区别在于，古代高等教育机构主要是由个人创办，并由创办者自行招纳门徒，传授本门学派的观点学说，基本采取的是个人创办、师徒传授的教学方式。
中世纪大学则是大学师生通过建立自己的行会以及各类各级组织机构，在拥有自治权的基础上，按照一定的专业或职业传授知识，颁发统一的毕业证书或学位证书。其中，教师或学生行会拥有大学自治权是欧洲中世纪大学的突出特征之一。
中世纪大学的自治权主要包括：招收学生和邀请学者、聘请教师的权力；自主制定教学内容和进行授课的权力；颁发毕业证书或学位证书的权力；自主管理大学教学、行政等其他大学事务的权力；享有法外特权，对违背法律的学者和学生进行处理，不受所在地司法当局的干涉。
（二）普遍实行了开放办学
中世纪早期的大学几乎接受来自所有欧洲地区的学生。中世纪大学在欧洲区域内学者和学生们都可以自由流动，选择自己向往的大学从事学习和研究活动，而且各地大学的资格证书能够得到互相的承认（认可）。
另外，由于当时文化的语言载体主要使用拉丁语。懂不懂拉丁语几乎可以成为衡量一个人有没有受过教育的尺度。因此，在中世纪大学中，来自各地的学者和学生们都使用着这一共同语言——拉丁语，超越了地区和种族的界限，方便大家进行对真理的探索和追求。
（三）教学内容相对单一
在中世纪的大学中，学部是大学进行教学的主要机构。由于各大学的规模、传统和培养目标各不相同，大学的学部构成也不尽相同。当时主要有文学、医学、法律和神学4个学部，其中，文学是作为预备课程（基础课程）设置的。只有巴黎大学才设有全部4个学部。
意大利南部地区的大学大多仅设文化、医学或文学、法律学部，只类似现在的单科大学。一直到15世纪末，欧洲大学中能像巴黎大学那样设置4个学部的大学都很少，大部分大学仅包括一二个学部。
从11世纪到12世纪中期，欧洲大学的课程内容主要是沿袭古希腊、特别是希腊化时代后期及古罗马的教育内容。12世纪末期开始，通过翻译和介绍阿拉伯世界的文明，古典时期的希腊教育内容以及阿拉伯世界的哲学和科学内容才逐渐进入欧洲大学的课程。
（四）教学实施中授课和讨论穿插进行
中世纪大学最常用的教学方式主要有讲授和讨论两种。讲授分为正式教授和特殊讲授。正式讲授指已经取得正式教学证书的教师在规定的时间和规定的场所进行的教学，特殊讲授指休息日，没有固定的场所，由已经取得学士学位、尚未取得正式教学资格证书的实习教师担任；
讨论主要分为正式讨论和自由讨论两种。正式讨论经常举行，事先规定讨论题目、讨论地点和时间。自由讨论主要在教师讲授时穿插进行。在中世纪大学，由于书籍的缺乏，教学多采取了讨论的形式。
特别是在神学学部以及在以波隆那大学（Bologna）为模式建立的法律学部教学中，采取讨论形式训练学生的辩论才能是非常重要的教学手段。
（五）对学生的管理比较松散
一是没有入学考试。中世纪大学没有入学考试，从理论上来说，只要达到基本的入学年龄和入学水平，任何人都可以进入大学学习。例如，13世纪的巴黎大学文学部规定，年满14岁、掌握基本拉丁语者都可以入学。
二是学生可以随意游学。中世纪大学的学生可以自由选择自己向往的大学进行学习，随意在各地大学间游学，并不受学校的限制。