朱元璋去世后埋在南京市紫金山南麓独龙阜玩珠峰下的明孝陵，和马皇后合葬于此。
洪武十四年（1381年），朱元璋命中军都督府佥事李新主持陵墓的营建工程，此年八月，马皇后去世，九月葬入此陵，定名为“孝陵”。孝陵之名，取意于谥中的孝字，有“以孝治天下”之意，一说是马皇后谥“孝慈”，故名。
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朱元璋在位期间对各个方面都进行了改革，政治上废丞相制度，设承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司分掌权力，进一步的加强了中央集权， 严惩贪官和不法勋贵 ；军事上实施卫所制度，北伐残元；
经济上大搞移民屯田和军屯，兴修水利，解放奴婢，减免税负，派人到全国各地丈量土地，清查户口等；文化上紧抓教育，兴科举，建立国子监培养人才；对外加强海外交流，恢复中华宗主国地位。经过洪武朝时期的努力，社会生产逐渐恢复和发展了，史称洪武之治。
1398年，朱元璋病逝，享年71岁，庙号太祖，谥号开天行道肇纪立极大圣至神仁文义武俊德成功高皇帝，葬明孝陵。
参考资料来源：百度百科-朱元璋
南京明孝陵里肯定躺着明太祖朱元璋和他的皇后马氏的遗体，这是毋庸置疑的。但这一观点受到了很多人的质疑，原因在于南京至今还流传着一则关于朱元璋遗体下葬的传言。说朱元璋出殡当天，有13只殡葬队伍分别从南京城的13个城门出发，朱元璋的遗体究竟在哪支队伍里面，谁也不知道，这13支队伍去往哪里也没有人知道。
据说朱元璋生前曾大开杀戒，死于非命的功臣宿将数不胜数，得罪了不少人，生怕自己死后遭到报复，害怕被开棺扬尸，所以他以魏武帝曹操为榜样，出殡当天同时开放所有城门，用13支出殡队伍有来迷惑众人。曹操生前靠盗掘他人的陵墓，发了一些大财，进而可以武装自己的军队，曾设立了专门的摸金校尉和发丘中郎将来负责盗掘古墓，自然其死后怕别人报复，所以搞了72疑冢。但曹操墓最终没有被盗掘，主要是因为他提倡薄葬，说白了就是他棺材里面没有什么值钱的宝贝，不值得盗墓贼光顾。
朱元璋虽然效仿了曹操的出殡方式，但是他并没有设任何疑冢，而是宣告天下他只有一个陵墓，就是南京的明孝陵，但是事先说明其中没有他的遗体。顿时使得盗墓贼丈二和尚摸不着头脑。全祖望的诗告诉人们，明太祖的遗体在朝天宫而不是在明孝陵。但是明朝的正史当中，明明记载了朱元璋亲自选择了孝陵这块风水宝地作为自己的墓地，耗费了巨大的人力物力来修建，如果明孝陵只是为马皇后准备的，他也不必这么大费周章。
关于朱元璋遗体在不在明孝陵还是有很大争论的，其实问题解决也很简单，直接打开地宫看一看不就知道了，但是如此做法确实违背了世界文化遗产管理条例，是不利于文化遗产保存的。随着科学技术的发展，我们不打开帝王的陵墓，也可以将里面窥测个究竟。自1997年起，南京市文物局和相关考古部门联合对明孝陵长达进行了长达6年的探测。结果表明，明孝陵的主体部分并没有遭到盗墓贼的光顾，墓主人遗体保存完好。
最近，南京市有关方面运用磁测(GMP)技术，测定了朱元璋墓的准确位置，且证实未经盗窃，保存完好。受经济和科技条件所限，专家认为，地下宫殿在20年内不可能挖掘。本回答被提问者采纳