这里要先注意下物权变动的知识。我国物权变动有几种分类，其中一种即分法为原始取得和受让取得，在受让取得中，又包括买卖、赠与等。我国的物权变动模式采取债权形式主义，当事人订立有效的合同可以引起物权的转让，即生效的债权合同+公示公信（
不动产登记，特殊动产登记）=物权变动。
在买卖、赠与等几种常见的物权变动中，其中生效的债权合同即属于民事合同领域。因债权具有任意性，当事人可以依据意思合意订立各种样式的合同，当然不能违反第五十二条的规定。这种债权任意性，即时意思自治原则在
合同法领域的体现。
再回到物权法领域，物权法定原则要求物权的种类和内容只能由法律规定，当事人不得任意创设。物权分为
担保物权和用益物权，此外当事人不能创设出第三类物权；担保物权也只有抵押、质押、留置、保证、
定金五种，当事人不能创设出第六种；用益物权也同理。（比如
流押条款，一开始是担保，后实现担保时直接转让所有权，这不属于担保物权又不属于用益物权，对债务人和担保义务人极为不公平，法律禁止。）（又如不动产转让登记，不登记不动产不转移）（再如
司考最喜欢考的无权处分啊，异议登记啊，
预告登记啊，好好弄懂，必须弄懂。）
那么意思自治原则如何在物权法领域体现呢？民法四大基本权利之一：支配权（所有权），允许支配权人根据自己的意思任意地占有、使用、收益、处分物品，允许支配权人出卖自己所有的物品，允许自己购买其他人所有的物品，这种任意地占有、使用、收益、处分的权利即使意思自治原则在物权法领域的体现。
总结，这两个原则并不矛盾，只是发生于同一行为的不同方面。买卖某物中，
甲方的出卖意思和乙方的购买意思，和双方的合意即为意思自治；而用买卖合同引起物权转让的这种模式，以及禁止流押取得所有权，即为物权法定。
最后，有些法言法语我都忘了怎么表述了，模模糊糊的不知道原话是啥，楼主你就将就着看，虽然用词略有瑕疵，但是知识体系还是没错的。楼主你要看到，一个买卖行为，即是一个债权行为，又是一个物权行为，把两个行为区别一看，顿时豁然开朗。《买卖纠纷司法解释》第三条无权处分的合同有效，但是物权不转移，就是这个道理。