明成化十五年元太祖成吉思汗的第十五世孙达延汗再一次统一蒙古草原，设立六个万户；封其三子孛儿只斤·巴尔斯博罗特为济农。执掌新秦中草原（黄河几字弯内的鄂尔多斯地区）为鄂尔多斯万户。
清天聪九年（公元1635年）蒙古鄂尔多斯部济农孛儿只斤·额磷臣，率部内附归清，后顺治六年清廷敕封其为鄂尔多斯左翼中旗札萨克，兼任伊克昭盟盟长，晋多罗郡王爵。
清顺治六年（公元1649年），清朝将鄂尔多斯蒙古部划分为6个旗，始置伊克昭盟：即鄂尔多斯左翼中旗（原郡王旗），鄂尔多斯左翼前旗（现准格尔旗），鄂尔多斯左翼后旗（现达拉特旗），鄂尔多斯右翼中旗(现鄂托克旗、鄂托克前旗)，鄂尔多斯右翼前旗（现乌审旗），鄂尔多斯右翼后旗（现杭锦旗）；后增设鄂尔多斯右翼前未旗（原扎萨克旗）。
清康熙三十六年（1697年），清廷准许陕西北部汉民越过长城在“黑界地”里耕种，每年向伊克昭盟沿边各旗王府交租银。
清雍正八年（1730年）又准许汉民在长城以北50里以内越界农耕，于是伊克昭盟沿边各旗的农田逐步增大，牧地开始缩小。
清乾隆元年（公元1736年）析鄂尔多斯右翼前旗地，置鄂尔多斯右翼前未旗（原扎萨克旗，后于郡王旗合并为札萨克郡王旗，简称札郡旗，后更名伊金霍洛旗）。
清光绪三十三年（公元1907年）析鄂尔多斯左翼中旗东部地，置东胜厅。
宣统三年（公元1911年），清末帝爱新觉罗溥仪退位后，袁世凯任中华民国临时大总统，并宣布“清廷对待蒙古实行的种种政策继续生效”，所以伊克召盟的盟旗制度仍继续执行，七旗行政区划没有明显变动。民国元年（1912年），民国北京政府成立，仍袭清制。
1912年，将东胜厅（在今罕台庙乡）迁至今羊场壕乡，改置东胜县。
1936年2月，在乌审旗西部思家洼成立乌审旗苏维埃政府；3月，撤销乌审旗苏维埃政府，后设中共乌审旗工委；10月，在鄂托克旗南部设中共三段地工作委员会，后又成立中共伊盟工委
1938年4月，中国共产党地下党员在木肯淖、桃力民一带设抗日动员委员会，6月成立中共桃力民工作委员会，8月在达拉特旗北部成立中共包固工委。
1939年3月，解散桃力民抗日动委会，成立伊克昭盟桃力民蒙汉联合抗敌委员会；5月，在准格尔旗北部成立中共萨托工委，国民党在达拉特旗耳字壕设组训处；9月成立中共准格尔旗工委。
1940年，在准格尔旗南部长滩镇设国民党山西省河曲县政府；冬季，中共伊盟工委在达拉特旗青达门区成立区委。
1941年3月，伊盟工委撤离桃力民；6月，乌审旗工委撤离乌拉尔林；9月，达拉特旗设91个保、312个甲；东胜县设30个保、289个甲；桃力民设28个保、148个甲；11月，鄂托克旗城川建立抗日民主政权。
公元1942年，在三段地成立鄂托克旗工委、在城川成立特别区委。
1946年3月，成立乌审旗蒙汉自治联合会、三段地蒙汉自治联合会、城川蒙汉自治联合会。
1947年2月，伊盟工委分为伊东工委和伊西工委；10月，成立准达工委。
1948年2月5日；在准格尔旗南部成立黑界地蒙汉联合会；7月24日，成立东郡工委，撤销准达工委，成立准格尔旗工作委员会。
1949年3月11日，达拉特旗工委成立；5月1日，伊东、伊西两个工委合并，成立中共伊克昭盟委员会：5月22日，成立伊盟自治政务委员会；7月22日，成立乾萨克旗土委；7月25日，中共伊克昭盟委员会主持组建乌审旗党委、鄂托克旗党委、达拉特旗党委、准格尔旗党委、东郡工委、杭锦旗党委、桃力民工委、通格朗直属区工委；12月28日，伊克昭盟人民自治政务委员会改称绥远省伊克昭盟人民自治政府，在原郡王旗霍洛成立达尔扈特区人民政府。
1950年，伊克昭盟普遍组建了行政政权，各旗县下辖区、乡、行政村（牧区称达尔古）、自然村（牧区称小达尔古）。
1953年7月，伊克昭盟将基层政权的行政村人民政府改为乡人民政府。
1956年，伊克昭盟69个区撤销37个，新建26个苏木。
1958年10月，将当时的50个乡、23个苏木、5个乡级镇改为人民公社，其时伊盟共下辖7旗、1县、78个人民公社、444个生产大队（其中有100个牧业大队）、2173个生产队（其中有468个牧业生产队）。
1984年，伊克昭盟将人民公社改为乡、苏木，大队改为村、嘎查。
2001年4月30日，伊克昭盟经国务院批准正式将改名为鄂尔多斯市。
