清末自从签订《天津条约》以后，传教士开始在各地进行传教工作。传教士享有建造教堂、治外法权、以及“宽容条款”所赋予的特权。[1]
“宽容条款”赋予教会特权。中国基督教信徒可以不受中国法律的制裁，因此，许多地痞流氓也混入教会，横行乡里。许多冲突由此产生。治外法权问题，亦使传教士不受中国法律的制裁。
另外外国传教士获得了在中国任何地方租买土地和盖房的特权，为外国传教士在中国内地霸占地产，成为后来各地发生民教纠纷及引起教案的严重隐患。
外国传教士传入基督信仰，和中国本土文化冲突，教徒与非教徒亦因顽固势力的挑拨而引发纠纷，引起两者争殴，少数奉教者依仗教会势力，非教徒亦因宗族势力强大而迫害教徒，更激起群众对传教士的仇恨。
中西思想意识形态上有不少矛盾。基督教与中国传统的思想、信仰、风俗习惯不相容。传教士企图改变中国礼俗，反对敬祖、祀天，把深入群众的佛教和道教说成邪教，引起民众反感，教堂散布穷乡僻壤，干涉迎神祭祖仪节，经常与民间发生摩擦，民众的反抗亦得到部份士绅的支持，初期不少的冲突，便是直接由地方官绅所发动。
在此前后，发生许多与基督教有关的“教案”影响比较大的有 青浦教案(清代第一教案)古田教案 天津教案 合肥教案 扬州教案等