深圳只有一个海关：中华人民共和国深圳海关。
深圳海关直属中华人民共和国海关总署领导，并受广东分署的监督指导，总部位于深圳市，其业务管辖区域包括深圳市及惠州市。目前全关共有干部员工5800余人，设有48个处级以上机构，其中内设机构21个，隶属机构18个，派驻机构5个，其他机构4个。海、陆、空监管业务齐全。
深圳海关的职能是：依法对经深圳口岸进出境的货物、运输工具、行李邮递物品等进行监管；征收关税和其它法定由海关征收的税费；查缉走私；开展贸易统计并办理其他海关业务。
目前，深圳海关旅检业务占全国55%，加工贸易监管占全国1/5，快件监管业务占全国1/3，税收征管约占全国9%，运输工具监管约占全国70%。
深圳海关下属的海关有：深圳同乐海关，深圳沙湾海关，深圳南头海关，深圳布吉海 ， 深圳福田保税区海关，深圳机场海关，深圳梅林海关，深圳笋岗海关，深圳大鹏海关，深圳蛇口海关，深圳沙头角海关，深圳湾海关，深圳福田海关，深圳罗湖海关，深圳文锦渡海关，深圳大铲湾海关，惠州海关，惠州港海关，惠东海关，现场业务一处，驻经济特区办事处，驻出口加工区办事处，驻邮局办事处，驻三门岛办事处。
《中华人民共和国海关法》第一条 为了维护国家的主权和利益，加强海关监督管理，促进对外经济贸易和科技文化交往，保障社会主义现代化建设，特制定本法。
第二条 中华人民共和国海关是国家的进出关境以下简称进出境监督管理机关。海关依照本法和其他有关法律、行政法规，监管进出境的运输工具、货物、行李物品、邮递物品和其他物品以下简称进出境运输工具、货物、物品，征收关税和其他税、费，查缉走私，并编制海关统计和办理其他海关业务。
第三条 国务院设立海关总署，统一管理全国海关。
国家在对外开放的口岸和海关监管业务集中的地点设立海关。海关的隶属关系，不受行政区划的限制。
海关依法独立行使职权，向海关总署负责。
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