南京大学与西安交通大学两所院校都是国家985211重点院校。主要是看专业的选择的。学校都是综合性大学，实力都是差不多的。
西安交通大学有8个全国一级重点学科，还有8个二级重点学科 这些重点学科自然都是非常好的专业。 在这些重点学科中，推荐以下几个： 1、管理科学与工程。排名全国第一，有全国的第一个管理学院士汪应洛教授、全国第一个管理学博士席酉民教授等。 2、电气工程。排名全国前二，有电气绝缘国家重点实验室 3、机械工程。拥有好几名院士，拥有机械制造系统国家重点实验室 3、能源与动力工程。排名全国第一，有德高望重的陈学俊院士，拥有多相流国家重点实验室 4、材料科学与工程。曾经在周惠久院士带领下，长期称雄全国，后有所衰落，现在是交大难得的几个快速发展的学科。 以上是大的学科方向，另外在一些学科上也不错： 1、自动化专业：拥有校长郑南宁院士，清华大学自动化系系主任管晓宏教授等雄厚的师资，系统工程二级学科排名全国第一、人工智能排名第二。 2、电子专业：拥有光电专家侯洵院士、铁电专家姚熹院士 3、力学专业：培养过极多的人才，现在世界华人力学界几个知名华人学者都是交大力学的毕业生，如卢天建、锁志刚 4、生物医学工程：拥有IEEE Life Fellow 蒋大宗教授等一批知名专家学者 5、ACCA就是国际注册会计师，交大的这个专业实力雄厚，而且这个专业的工资也是非常的高的
南京大学哲学、经济学、法学、汉语言文学、英语等专业是最好的。学校有“双一流”建设学科16个，江苏高校优势学科建设工程三期项目立项学科19个，博士学位授权一级学科点42个，博士学位授权二级学科点（不含一级学科覆盖点）1个。学校还有专业博士学位授权点5个，硕士学位授权一级学科点4个，专业硕士学位授权点28个，本科专业89个，国家基础学科人才培养基地12个，国家生命科学与技术人才培养基地1个，基础学科拔尖学生培养基地14个。