医院和药店药品价格存在差价的原因，有三个：一是服务对象不同，二是运行体制不同，三是药品结构不同。
首先，医院和药店的服务对象不同。
医院的服务对象是病人，本着治病救人的原则，医生给病人开的药都是以能快速有效地治好其疾病为目的，对药物的药效等各方面的要求都比较高。因此，医院所用的药，首先要考虑安全性和有效性，而具有这两种特性的药物，在材料和制作工艺上往往会更加复杂，因此成本高了，价格也会相对增加。药店的服务对象是大众，只要你有需求，只要药店有得卖，你都可以去买。药店本身也会以买卖为前提，降低自己的成本，选择具有同样效果，但成本较低的药物。
其次，医院和药店的运行体制不同。医院是实行一定福利政策的社会公益事业机构，为了让患者放心看病、安心治病，会在医疗设施和医务人员配备上下很多功夫，医院在配备药物的时候也会经过很多环节，无形之中增加了成本，而且由于 政 府 对医院的资金投入有限，医院对价格不具备灵活性。药店是独立法人的经济实体，采购药物的成本和运行成本与医院不同，也可以灵活调整价格和营销策略，实现薄利多销。
最后，医院和药店的药品结构不同。
医院不单单是给病人开药，为了更好地预防和治疗疾病，还需要不间断地研制新药，并且经过全方位的临床实验，让新药得以发挥效果。此外，病人在医院开药，也得到了专业医生的指导。考虑到这方面的成本，国家也会相应地把医院的药价调高一点。相比较之下，药店就显得比较利益，多售卖成本低的药物，以及常用药，以量取胜，让消费者误以为药店的药价格比医院的便宜。
贵的原因：
第一，实体药房的成本比较高，比如门面费，请的店员要发工资，每个月还有各种支出，比如医保刷卡也要交钱的，税钱等等。
第二，药师证每年也要交钱学习继续教育，要不然要被取消，每年好几百。
第三，部分药品过期，卖不出去，这也要花费比较高的成本。
第四，网上药店成本就低很多，这是不可比较的，但实体药店买药方便。
第五，药店盈利还是主要依赖保健品。
本人是实话实说，没有偏袒药店，希望能解答题主的凝惑。
最后提醒大家一个买药技巧，买药尽量去大型正规药房，部分药价比较实惠。
其他原因：
商家对这些近效期的商品会采取各种折扣手段，能卖一块钱算一块钱，这种情况我们不去讨论，只希望大家在网上买药的时候擦亮眼睛。
另一种情况就是竞争导致的，且不说这种竞争是恶性的还是良性的，有些药品有利润空间，厂家对价格的维护不力，导致低价药在网上出现，有些药品根本就没有什么利润空间，大家为了抢生意，就进行恶性竞争，其实线下实体店也有很多药品是负毛利在卖的。
那要看你买什么药品了。买药不是一味的说贵，你要知道有的是有差别的。主要从以下几点来看。
1.药品本身的厂家，规格，剂型。好多人都是一进来你家怎么比他家的卖得贵呢？我觉得你这是无知的一种表现。厂家不一样的同种药他价格能一样么？规格不一样的药它价格能一样？剂型不一样的同一个药它价格能一样么？以上还是简单的说明。
厂家不一样这肯定不一样了，包括它的研发成本，制作成本投入，原料成本的不同，还有就是广告投入的不同，为什么广告药都会贵一点呢？
因为厂家要把广告费先赚回来呀。
真是因为药品在前几年的价格利润大，导致好多人无知以为都被坑了，你怎么不想想景区呢？门票飙升了，你还是乐意的接收了。剂型，就是决定药物的释放速度和部位以及药物的作用时间。一般的片剂是最便宜的，缓释片什么的就会比普通的片剂要贵，制作是成本要求也会高些。
2.药品现在在医院已经是零加成了。意思就是从经营商那里进价多少就得卖多少，如果说是医院药品价格贵，你应该说是中间商的差价严重，目前中国药品经营主要场所在药店和医院。药店一般同种药都会贵点的，因为药店还有利润可图。现在药店卖药都是有提成的，当你进去的时候为什么会觉得药品很贵呢？因为进去营业员基本会拿高毛利的药品，也就是有提成的药品。一些老厂家的药他是不会拿给你的，因为利润太低，几乎是没有的呀。国家物价局目前对药店的药品利润规定不得大学百分之三十，就是说一百块钱的药，是可以赚30块钱的，所以定价的时候有的药店就比较的高定价，固然是卖出去价格比较高的了
3.医院现在的处境是以医养药基本是。卖出去的药品毫无提成。以后可能会做医药分家，医院只负责开居处方，患者凭借着处方去药店买药。这个做法可能有它的好处，就是药店更加的专业话。不用排队几个钟去领药。其可能的是买一次药价格更贵。药店都会推荐高毛利的药品。
4.药店药品的真假。现在药监局管理比较严格假药在药店还是比较低的，不想去相信那种江湖神药，基本不会有售假的。还有就是买药的时候去连锁药店买，药品管理好，质量有保障，药品来源清楚。连锁药店要做强，他就必须真实不好参假，因为那不是长远之际。
你看看现在私人药店和连锁药店对药品的管理就懂了。连锁的目前比较好的比如老百姓，一心堂这些都是比较好的。吃对药，吃好药，放心药。最主要是你要学会一些药物知识，去辨别他的价格，质量真假很重要。不要迷信神药。买药的时候关注保质期，厂家，国药准字。
贵的原因：第一，实体药房的成本比较高，比如门面费，请的店员要发工资，每个月还有各种支出，比如医保刷卡也要交钱的，税钱等等。第二，药师证每年也要交钱学习继续教育，要不然要被取消，每年好几百。第三，部分药品过期，卖不出去，这也要花费比较高的成本。第四，网上药店成本就低很多，这是不可比较的，但实体药店买药方便。第五，药店盈利还是主要依赖保健品。本人是实话实说，没有偏袒药店，希望能解答题主的凝惑。最后提醒大家一个买药技巧，买药尽量去大型正规药房，部分药价比较实惠。其他原因：商家对这些近效期的商品会采取各种折扣手段，能卖一块钱算一块钱，这种情况我们不去讨论，只希望大家在网上买药的时候擦亮眼睛。另一种情况就是竞争导致的，且不说这种竞争是恶性的还是良性的，有些药品有利润空间，厂家对价格的维护不力，导致低价药在网上出现，有些药品根本就没有什么利润空间，大家为了抢生意，就进行恶性竞争，其实线下实体店也有很多药品是负毛利在卖的。那要看你买什么药品了。买药不是一味的说贵，你要知道有的是有差别的。主要从以下几点来看。1.药品本身的厂家，规格，剂型。好多人都是一进来你家怎么比他家的卖得贵呢？我觉得你这是无知的一种表现。厂家不一样的同种药他价格能一样么？规格不一样的药它价格能一样？剂型不一样的同一个药它价格能一样么？以上还是简单的说明。厂家不一样这肯定不一样了，包括它的研发成本，制作成本投入，原料成本的不同，还有就是广告投入的不同，为什么广告药都会贵一点呢？因为厂家要把广告费先赚回来呀。真是因为药品在前几年的价格利润大，导致好多人无知以为都被坑了，你怎么不想想景区呢？门票飙升了，你还是乐意的接收了。剂型，就是决定药物的释放速度和部位以及药物的作用时间。一般的片剂是最便宜的，缓释片什么的就会比普通的片剂要贵，制作是成本要求也会高些。2.药品现在在医院已经是零加成了。意思就是从经营商那里进价多少就得卖多少，如果说是医院药品价格贵，你应该说是中间商的差价严重，目前中国药品经营主要场所在药店和医院。药店一般同种药都会贵点的，因为药店还有利润可图。现在药店卖药都是有提成的，当你进去的时候为什么会觉得药品很贵呢？因为进去营业员基本会拿高毛利的药品，也就是有提成的药品。一些老厂家的药他是不会拿给你的，因为利润太低，几乎是没有的呀。国家物价局目前对药店的药品利润规定不得大学百分之三十，就是说一百块钱的药，是可以赚30块钱的，所以定价的时候有的药店就比较的高定价，固然是卖出去价格比较高的了3.医院现在的处境是以医养药基本是。卖出去的药品毫无提成。以后可能会做医药分家，医院只负责开居处方，患者凭借着处方去药店买药。这个做法可能有它的好处，就是药店更加的专业话。不用排队几个钟去领药。其可能的是买一次药价格更贵。药店都会推荐高毛利的药品。4.药店药品的真假。现在药监局管理比较严格假药在药店还是比较低的，不想去相信那种江湖神药，基本不会有售假的。还有就是买药的时候去连锁药店买，药品管理好，质量有保障，药品来源清楚。连锁药店要做强，他就必须真实不好参假，因为那不是长远之际。你看看现在私人药店和连锁药店对药品的管理就懂了。连锁的目前比较好的比如老百姓，一心堂这些都是比较好的。吃对药，吃好药，放心药。最主要是你要学会一些药物知识，去辨别他的价格，质量真假很重要。不要迷信神药。买药的时候关注保质期，厂家，国药准字。
医院药品0差价指的是药品的价格由政府进行统一定价，药品价格不再包含利润。医院药品价格还是那么贵，我觉得主要原因有以下几点：
医疗资源不足
中国人口众多，医院的数量不足以满足所有人的就医需求。医院因此存在排队等候时间长、诊疗效率低下等问题，这也使得一些人不得不求助于私立医院或跨城市的大医院，这些医院的药品价格可能比公立医院高。
医药分开
中国自2000年开始实施医药分开政策，使得医院不再自己经营药品，而是通过竞价、招标等方式向药品供应商采购药品。在这个过程中，一些药品的价格受到市场供求关系的影响，因此有些药品价格仍然较高。
医疗机构收入依赖于药品
由于医疗资源不足，医院往往要依赖药品销售收入来弥补自身的财政缺口。有一些医院会通过加大药品的用量或选择高价药品来增加收入，从而导致药品价格较高。
总之，医院药品0差价虽然减少了药品价格的利润，但仍有很多因素导致药品价格偏高。为了降低药品价格，政府需要进一步加大对医疗资源的投入，同时推动药品价格的透明化和监管，建立更为完善的医疗体系，从而使得药品价格能够更好地为广大患者所接受。
2010年1-3月，我们在浙江、福建、北京、湖南和湖北等地的调研中发现，基本药物零差价制度不仅没有降低药价、减轻患者药费负担，还扭曲了基层医疗机构的药品购销行为，使盛行于二、三级医院的商业贿赂行为蔓延到基层医疗机构。
众所周知，由于现有医疗体制存在的弊端，二三级医院采购药品时普遍存在返利和回扣现象，而且返利和回扣加在一起往往占到药品零售价的40-60%，所以二三级医院的名义采购价（往往也是政府招标价）明显高于药企实际得到的采购价，中间的差额即为二三级医院的返点、回扣及营销费用。例如，一个药品的名义批发价是10元，药企实际到手的采购价一般不超过3元，剩下7元中大约有6元以返点和回扣的形式给了医院、医生及其他相关个人，1元作为营销费用留在了批发环节。最后在销售环节，二、三级医院还可以合法加价15%，即以11.5元卖给消费者，具体如图一所示：
而二三级医院之所以偏好以高批发价采购药品，很大部分原因在于15%的加价率管制政策的实施，即医院药品的零售价格最高只能在采购价的基础上增加15%。因此，为了增加利润，医院自然偏好采购高价药。原来采购价3元的药，医院卖6元，赚3元。实行15%加价管制政策后，同样的药品，医院加价0.45元，如果将采购价抬高到10元，同样的药品，医院就可以加价1.5元，合法的利润就增加了1.05元。此外，医院和医生再通过返点和回扣拿到6元的药品收益。
在基本药物制度实施以前，卫生院药品销售不受15%加价率管制政策约束，而是由卫生院按照市场情况自主确定零售价格，只要不超过国家最高零售价即可。零售价与采购价之间的差价归卫生院所有，采购价越低，获利也就越多。由于卫生院面临着零售药店和诊所的竞争，其零售价格不能高出竞争对手太多。为了盈利，卫生院会竭尽全力压低采购价，尽管加价率平均达到100%，但由于采购价很低，其零售价甚至还低于现在的政府招标中标价，更低于国家发改委规定的最高零售价。在这一机制下，卫生院有很强的动力通过与供应商谈判来降低药品采购价，这种药品价格形成机制是通过充分的市场竞争形成的，也是相对真实合理的价格。
因此，在推行基本药物制度以前，卫生院采购药品很少有返点和回扣现象，也基本没有药价虚高问题。而采购同一药品，二三级医院的采购价（政府招标价）显著高于卫生院的采购价，也是业内公开的秘密。上述例子中那个药品，卫生院就以3.1元的采购价(含0.1元配送费)购入，然后加价100%，以6.2元价格卖给患者，具体如图二所示。但由于二三级医院和卫生院实行的是不同的药品购销和定价制度，两者井水不犯河水，互不相干。
然而，基本药物制度的实行，将基层医疗机构纳入到政府集中招标采购制度内，要求卫生院和二三级医院按照统一的政府招标价采购药品。而在这一制度下，卫生院就再无可能以此前较低的采购价买到药品。
首先，药企不可能会按照此前卫生院较低的采购价参与竞标，因为其竞标的药品不仅针对卫生院，还供应给许多的二、三级医院。一个省份基本药物中标价是公开信息，如果药企以此前卫生院的实际采购价中标，则意味着在全国所有省份招标的中标价都要大致维持于这一价格。但是以这一价格中标，这些药品就很难再进入二、三级医院，因为在如此低的价格下，药企没有足够的利润空间向医院提供返点和回扣，也无法让医院通过加价15%获得尽可能高的加价收益。同时，为激励卫生院采购中标药品，药企也必然会采取返点和回扣等营销手段。但如果按照以前的实际批发价参加招标，药企是没有足够的利润空间进行返点和回扣的。
其次，零差价制度是一种更为严格的加价率管制政策，它和15%的加价率管制政策存在同样的弊端，即药价越高越受医疗机构青睐。在此制度下，卫生院不能合法加价赚钱，但是它却完全有能力通过索要返点和回扣的方式私下谋利。由于绝大多数基本药物同一品种中标企业有多家，卫生院拥有选择权，从而拥有索要返利和回扣的能力，竞标药企也很清楚这一点，所以在投标价格中必须预留返点和回扣空间。这一药品投标和购销模式不过是此前公立医院药品购销模式和政府集中招标采购模式的简单复制，药企轻车熟路，卫生院也早已耳濡目染，双方完全是心有灵犀、一拍即合。
因此，实施零差价制度后，到底采购哪家药企的药品，卫生院的主要考量因素是返点和回扣的高低。药品质量基本不在卫生院考虑之内，因为政府集中招标已经遴选过质量。换句话说，只要选购的是中标药品，即使出现质量问题承担责任的也应该是招标机构而不是卫生院，况且卫生院及其医生也没有能力判断药品质量，尤其是此前没有使用过的基本药物。
最后，药品的成本乃至批发价格与销售量相关，医疗机构的采购量越大，供应商的平均成本越低，给出的批发价格就越低。但问题是省级集中招标只能确定中标价格，不能确定一个省份的采购量。因此，在无法判断销售量的情况下，制药企业只能保守地报出较高的竞标价格，避免出现中标价偏低、采购量小所导致的供货亏损的尴尬境地。
总结来看，上述情况的出现意味着基本药物制度事实上形同虚设，老百姓的药费负担也难以下降。