对于废弃物的处理，日本一直以减少最终填埋量为目的，其明确提出了“3R”原则，即减量控制，回收利用和循环再利用。现在，日本一般生活垃圾总排放量大约为5000万吨，其中78%可燃物被焚烧，5%被回收利用，17%被填埋；工业废弃物为4亿500万吨，多数是污泥，动物粪便和建筑废料，其中90%被处理和再生利用，10%直接填埋。
垃圾焚烧是日本流行的垃圾减量处理技术。但为解决二恶英和废热利用率的问题，焚烧厂在焚烧量上做了调整，进一步加大了垃圾收集的范围和力度。日本提出了废弃物固体燃料的方法。废弃物固体燃料是将可燃垃圾进行粉碎，筛选，干燥后，掺入石灰，压缩成形得到的，它便于存放和运输。在小规模的市区，街道，村镇里，不焚烧垃圾，而将垃圾制造成废弃物固体燃料形式，运送到附近城市的大型垃圾焚烧厂进行集中处理。
日本由于实行了严密的垃圾分类措施，现有的垃圾焚烧厂所燃烧的垃圾已经完全剔除了塑料等化学制品，燃烧的垃圾均为食物残渣等无法再循环利用、又不会造成大幅度环境损害的产品。这大大降低了焚烧所造成的有毒气体排放量。而不可燃垃圾经过压缩无毒化处理后，可作为填海造田的原料。东京新兴的综合休闲娱乐区台场，就有一部分是用垃圾在东京湾里填出来的。
垃圾分类收集、分类处理的。生活垃圾一般分为可燃垃圾、不可燃垃圾及资源垃圾（金属、纸张、玻璃）等三大类。居民根据当地政府的规定，在每周固定的时间用标准的垃圾袋摆放在固定的地点。日本国土狭小，城市居民密集，不适合修建大量垃圾站。及时地处理垃圾，保证了城市的整洁。特别是夏天，由于垃圾从居民家中直接被运往垃圾处理厂，在城市街道停留时间极短，避免了垃圾因腐烂而发出异味，也避免乌鸦等鸟类啄破垃圾袋，破坏环境。
在垃圾处理厂，根据垃圾种类不同，处理方法也不同。资源垃圾可以循环再利用，可燃垃圾燃烧后可作为肥料，而不可燃垃圾经过压缩无毒化处理后可作为填海造田的原料。东京新兴的综合休闲娱乐区——台场，就有一部分是用垃圾在东京湾里填出来的。
日本的儿童从小就要学习正确处理垃圾的方法。对日本人来说，必须要会处理垃圾，不会处理垃圾就无法在日本生活。但对于不按规定处理垃圾的人，日本的法律相对宽松，一般都是由政府派人上门拜访、说服。由于日本人都比较爱面子，所以效果明显。