中华民族几千年来一直是一个传承有序的民族，我们能够延续至今，保持文化和文明的不断进步，在世界民族之林屹立不倒，最为重要的关键因素就是血脉认同和文化认同。
太庙源于祭祀，而祭祀从奴隶社会的夏朝就开始了。早期的祭祀源于对自然和鬼神的敬畏，后来逐渐形成了一种尊祖的习俗，到了国家形态后，统治阶级为了凝聚部落、族群的社会关系，慢慢把献祭先祖，尊崇祖先作为了一种宗教形态。
既然是祭祀祖先就一定要有场所，经过很多代人的传承，有了很多的祖先，不可能每次都去祖先的坟前逐个祭祀，这太麻烦，于是聪明的中国人就发明了“牌位”，把每个先人的牌位供奉就可以了，而牌位放置的地点，就是太庙。太庙这个专用的祭祀先祖的地方最先出现于西汉早期，刘邦死后才建立的太庙。
太庙是历朝历代最为重要的地方，甚至比金銮殿都要重要得多，皇帝的龙椅可以今天换人，明天易主，但是太庙如果被迁移或者毁掉，那就直接宣告这个王朝覆灭。太庙其实就是社稷的意思，皇帝轮流坐没关系，社稷崩，那就王朝灭了。
太庙的存在就是传统的正当性存在，也是文化存在的正当性，中华民族一直用血缘传承和文化传承来树立基本的正统统治根基的，所以太庙里面的牌位虽然是木头做的，但它们的意义太过重要了。
回到题目，满清入关后，定都北京，顺治皇帝又是如何处理原来明朝太庙祭祀的那些祖先牌位的呢，这个问题其实很简单——看前朝怎么做就行了。
自此有了太庙这个最为神圣的祭祀宫殿起，各朝各代几乎没有过把前朝太庙里祭祀的牌位恶意、粗暴的处理掉，这不符合统治者的利益。前面说了，中国人最讲究的就是传承，无论是血缘的，还是文化的，既然新的统治者推翻了前朝，但是从传承上来讲，那是后来者接受了前朝者的衣钵，作为更替天子来统治天下的。
如果粗暴处理前朝太庙的牌位，那么就说明自己得位不正，没有顺应天意，这会失去天下民心。所以，后世统治者都会善意的处理前朝太庙的前朝皇帝牌位，甚至是元朝入主中原，蒙古人都非常虔诚的把宋朝太庙刻意保护和修缮。
既要保护原来太庙以及太庙里面的众多祖先（大多数是皇帝）的牌位，那么满清的皇帝牌位又放在哪里呢？顺治入京后，他爷爷努尔哈赤，老爹皇太极的牌位可是抱着入京的，把他们的放哪里呢？难道就直接把朱元璋、朱棣的牌位换出来？这不可能，也不现实，前朝皇帝的牌位动不得，这关乎天下民心。
这个问题在明朝已经被解决了，那就是朱元璋在太庙旁边建立一个历代帝王庙，把历代很多著名的帝王牌位放在里面进行祭祀，既然有了这么一个偏殿，但是名字很霸气——历代帝王庙，就放这里吧。
顺治就把原来太庙祭祀的明朝皇帝牌位全部移到了历代帝王庙里，不要以为历代帝王庙里就祭祀了中国自古以来所有的皇帝，没有那么多地方放牌位，不要以为这是普通的公墓，既然是帝王庙，多少还是要讲点气派，再说了，中国自古以来那么多皇帝，有名气大的，也有名气小的，不能都放在里面。
朱元璋就放了十多个皇帝，什么汉高祖、汉武帝、唐太宗、元世祖等，到了满清接手后，又增加了十多个，达到了三十多个，当然更多的是金国、辽国、元朝等国的皇帝，至于明朝的皇帝，实话告诉你，并没有把明朝皇帝全部放进去，比如天启、崇祯都没有牌位在历代帝王庙里。
到了康熙、雍正、乾隆时期，满清国力达到了鼎盛，为了彰显国家富强，民族团结，更多的是为了现实满清顺天意，得中华民族正宗传承，不断的扩充历代帝王庙，里面的皇帝牌位多达160多位。
所以，清朝对待明朝太庙还是非常温和的，这更多的是自古以来统治者的传统做法，所做的一切都是为了承认中华民族的传承正宗。