可以抵扣。
《国家税务总局关于在境外提供建筑服务等有关问题的公告》 国家税务总局公告2016年第69号第十条规定，全面开展住宿业小规模纳税人自行开具增值税专用发票试点；
月销售额超过3万元(或季销售额超过9万元)的住宿业小规模纳税人提供住宿服务、销售货物或发生其他应税行为，需要开具增值税专用发票的，可以通过增值税发票管理新系统自行开具，主管国税机关不再为其代开；
因此，贵公司取得的3%住宿费专票，属于正常差旅费支出，可以抵扣进项税。
可以抵扣的发票：
公司员工出差，收到小规模纳税人酒店自行开具的“住宿费”增值税专用发票可以按照3%进行抵扣；
公司员工出差，收到一般纳税人酒店自行开具的“住宿费”增值税专用发票可以按照6%进行抵扣。