他提出以“抚虏（收买蒙古）、堵隘（再修一座关城）”作为守山海关的方略，因而与孙承宗发生争执，但《明史》与《三朝辽事实录》的记载极为不同 孙承宗诘问王在晋，等八里铺重城修好了，是否把旧城现有的四万人都填进去守？
王在晋答，要另外派四万。
孙承宗问，旧城外为新城，旧城外的品坑地雷为敌人设，还是为自己设？新城如守不住，四万新兵怎么办？
王经略回答说，他在山上留了三座山寨给溃军。
孙承宗问，兵未溃而筑寨以待之，不是教他们溃败吗？
孙承宗说：“今不为恢复计，画关而守，将尽撤藩篱，日哄堂奥，畿东其有宁宇乎！”
之后王在晋无言以对，谈话就此结束。（在晋无以难）
但明史记载中不合理之处甚多，王在晋早年讨伐倭寇起家 、长期担任军事要职，辽东战争中任登莱巡抚，在广宁之战中王在晋任户、工、兵三部左侍郎 长期调度辽东军需，不太可能被只上任兵部尚书几个月、没有军事及辽边经验的孙承宗问至哑口无言。 《三朝》记载了孙承宗的奏折。 由孙承宗的奏章原文可知，此次讨论孙、王二人谁都没有提及“四万新军”来守卫重城的事情，孙承宗没有问这样的问题，王在晋也没有那样的回答。
孙承宗在看过重城的部署以后向王在晋询问，新旧两城在八里之内，而旧城外又有城防壕沟和设施，如果重城的士卒发生溃散，那一不小心就会陷于自家的品坑地雷与坑壕之中，新旧两城之间，南面是水，北面是山，溃卒无路可逃，如果都拥于旧城之下，那到底是开门放他进来，还是不开门听任他们在外？
王在晋告诉孙承宗，山上有三座山寨，若有逃溃可以奔向那里，而旧城也有三道关口可以进入。
孙承宗问兵法乃是置之死地而生，为什么要为他们提供逃跑的便利？
王经略回答，这几万边兵都是老兵，特别擅长逃跑（边兵善走），虽可杀死逃兵，但大批士兵逃跑时，亦无济于事。所以我用“两城”的设置，既是依仗城池而稳定军心，又可借此来消减边兵溃散的念头。其言下之意，一，品坑地雷和壕沟既是为敌而设，又是为逃散士卒而备的，以代替截杀逃兵的督战队；二，新城实为死地，王在晋一旦下令不开关放溃兵进入，重城里的守军只有“死守城池”和“退守山寨”两个选择，而山寨不过是摆设（若城池不能固守，山寨亦不能守住）。所以，重城里的士兵要想活命就只能倾力死战。
之后，孙承宗无言以对，谈话就此结束。（臣遂无以应)
