简单说一下，元朝曾2次远征日本，导致日本室町幕府倒台，日本随后进入战国时期。一些日本浪人为了报复朝鲜人帮助元朝进攻日本于是变身海盗劫掠朝鲜沿海，此为最早的倭寇。
明朝中期，丰臣秀吉曾统一日本，倭寇从以日本人为主逐渐变成以中国人为主，他们大多以台湾为基地。
后清朝建立，将沿海居民内迁，之后又攻下台湾，倭寇遂绝迹。
最早进犯台湾的侵略者是日本倭寇。从16世纪初开始，日本国内封建领主之间进行着无休止的兼并战争，大批失败溃散的武士沦为失去生计的浪人。这些浪人与日本沿海地带的走私商人结合起来，形成一股力量，在海上从事抢劫活动。到16世纪中叶，他们一批又一批到中国大陆沿海活动，中国人称之为倭寇。其中，一部分倭寇窜入澎湖、台湾，在附近海面上劫掠商舶，把抢来的丝绸、瓷器、香料、胡椒等运往日本、琉球出卖。1563－1564年间（明嘉靖四十二至四十三年），侵犯福建、浙江一带的倭寇遭到戚继光、俞大猷等抗倭名将的打击，在大陆不能立足，于是逃到澎湖、台湾，乘澎湖巡检司撤废、无兵把守之机，据之为巢穴，继续向闽浙沿海进犯。这些倭寇骚扰的地区很广，最南到达菲律宾群岛，最西到达马六甲海峡。每年东北季风盛行季节，倭寇就从日本萨摩或五岛出发，航行到台湾后，等待风向变化，北风猛就向广东进犯，东风猛就向福建进犯。进犯福建的船队又在澎湖分队，向北进攻长乐梅花，向南进犯泉州等地，这样去而复来，焚烧劫杀，岁无宁日，为患数十年。
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