张居正和海瑞都倡导知行合一经世致用，但是，张居正是务实的改革派，海瑞是激进的理想主义者，张居正不敢用海瑞，怕海瑞的炮仗脾气惹来麻烦。
一，二人理念冲突
他们二人之间的矛盾在“祖宗之法”上面。根据《万历十五年》等相关记载，当时的张居正和海瑞都希望寻找一种合适可靠的方法，来将国家融入到他们所规划的政治规范之中。但是，张居正提出的做法多多少少有一些变法的意思在里面，海瑞则是希望把洪武年间的法律制度重新施行起来。
张居正作为儒家思想中的代表人物，心里还是比较尊重祖上的制度，但是，稽古而不泥。他以干才入主文官系统，尊崇主权，考核吏职，信守赏罚，统一号令。经济上对土地进行彻查，对税赋进行改革，军事上派用戚继光等名将管理边务，开创了“万历新政”的局面。
比如：推行的“考成法”就是在祖宗之法的基础上进行的创新，改革了官僚体制，提高了行政效率，官场风气有了前所未有的改变。
海瑞虽追求考成法，也心系百姓，但不赞成应时权变，见形施宜。他巡抚应天的时候，就锐意兴革，执着“祖宗之法”的形相。但由于急于求成，反而没有什么作为。
二、二人性格不合，
海瑞过于钢制，不会转弯，也不够圆滑，这样的性格造成了他在官场上到处得罪人。海瑞的刚直一直被作为一种武器而被别有用心的人利用用来反对政敌。这时候他就成了一枚不知道什么时候会爆炸的定时炸弹，甚至你是提拔他的恩人，他之后也有可能会炸了你。
李贽是当时思想的异端者，近禅宗默观取道阳明之心学。他认为：张居正是历史上位居宰相的杰出者，是兴国安邦的重要人物，有着崇高的地位。而对海瑞的看法则是，虽然，他清正廉洁，但是，思想迂腐没有太大作为。
从这个评价我们可以看出，虽然，李贽喜欢“酷评”，但是，在人物判断上不失公正，还是有理有据的。从现代的角度来看，张居正的改革相比海瑞更理性一些，海瑞的做法让人感觉木纳迂腐，甚至有，些意气用事，但是，他们也有相同的地方。
在那个年代，国患严重，到处危机四伏，自然灾害频发，民不聊生，二人在振兴国力，改善民生的行为上比较一致，把国家安危的责任都放在自己身上。所以，二人在这方面有一定的成就，
总结：张居正为什么终生都不重用海瑞，就是两点：一是、海瑞本人作为政治上的不安定分子，容易被人当枪使的性格让张居正很不安；二是、因为治国方略实在是不相同不融洽，所以张居正终生不用海瑞。
就是你，你也不会重用海瑞的！别不信，我给你讲讲一下，你就知道为什么了。
第一，海瑞的能力问题。根据史料记载，海瑞的执政能力是个大问题。
有两件事可以证明。第一件事，就是海瑞治理一个县，一个县的经济成为全国最穷县，治理一个市（按照现在的说法，应当不标准，但是意思到了就行。）把一个好端端的市治理成全国最穷市。这说明，海瑞在经济发展这种国之命脉上的能力不足。
第二件事，就是海瑞治理水道。朝廷当时拨款300万两白银，结果，他只花了30万两，结果搞出来一个豆腐渣工程，都没有用大水，就是小水，就给冲垮了。按照常理，他就应当重视质量啊，结果偏不，他还是继续搞，结果，300万两银子花光了，最后还是豆腐渣工程。最后发大水淹了多少良田和百姓。
他不反思自己的能力，反而是觉得自己愧对老百姓，站在河堤上想着跟老百姓一起淹死。
当时朝廷，包括皇帝都快被气死了。你海瑞是不贪钱，可你干点正经工程啊，难道不贪污，就有理由建豆腐渣工程？难道不贪钱，就有理由让地方经济倒退几十年？
第二，不贪钱，但是贪名。这里需要纠正一点，张居正和海瑞是一个时代的官员，但是张居正真正掌权成为首辅是后期。前期好几个首辅都不重用海瑞，只是一个原因，就是海瑞做事不行，但是炒作第一名。
海瑞炒作自己，在当时非常厉害，一张嘴，走到哪就骂到哪里，海瑞真正提拔，就是遇到了一个宽容的皇帝。玩命的骂，指着鼻子骂，皇帝也不生气。于是海瑞的名气大了，但是别人都不待见他，太会炒作了。
从古至今，就没有一个人比海瑞贪名的，真正连命都豁出去了，就是想着青史留名，巴不得皇帝把自己啥了，自己可以被载入史册。
仔细研究一下他，你会发现，他就是靠着踩别人上位的。连自己岳父、老婆，包括孩子都往死里踩，讲别人德行不好，而自己德行高大。
这哥们一生清贫，谁能想到，他竟然娶了好几个老婆。娶完之后，有以老婆，或是岳父人品不好，立马离婚。
正常离婚就离吧，低调一点就行了呗，结果这哥们到处宣扬自己德行高尚，老婆，岳父家配不上自己。
就这事，海瑞的母亲都讲，你就不应该娶老婆。
这哥们把一切抬高自己名声的事情都做绝了，连自己老婆岳父都是抬高自己炒作的话题。
当时对他的评价就是，你的贪欲太强了，毫无人性了。这里讲的贪，不是贪钱，而是贪名。
这种人，不止张居正，连前几任首辅都不满意，张居正其实还不错，给他搞到应天养老去了。
第三，就是该干的活，干的一塌糊涂，不该管的事情，他管起来可来劲了。
就比如，他时治理经济不行，朝廷就让他主管教育工作。结果，这哥们没培养出来一个人才就算了，当教育方面的领导不琢磨自己自己的业务。天天盯着搞经济的领导工作，对搞经济工作指手画脚，人家就说，你自己搞经济一塌糊涂的，你凭什么我指导我搞经济，你的本职工作现在是搞教育，就别插手经济了。结果，海瑞就一句话：我清廉！
在海瑞眼里，清廉就是一切理由，干不好工作，理由是我清廉，插手别人工作，还是一个理由，我清廉。
海瑞还把自己当成言官了，言官和御史，在古代相当于现在的纪检委检察院。可是海瑞天天把自己当成言官御史。
他的行为，就好比他只是教育局长，没事就参合发改委工作，还把自己当成纪委书记，天天查别人。
现实社会，哪个领导会这么乱伸手？工作安排份内工作做不好，但是插手别人工作可是非常来劲。
就这种一直摆不正自己位置的人，你是首辅，你会重用他？你肯定会想，给你机会搞经济了，你搞砸了多少年了，自己几斤几两不知道么么？就是因为你不行，我才不让你搞经济了，让你搞教育。结果，你还插手经济，不仅插手经济，还自己把自己当成纪委书记和检查院领导。可是明明这些职位都有人干啊！
但是海瑞才不管这些，一句，我清廉啊。就是他做一切的理由。包打天下。我清廉，我有理！我清廉我没错！