这两个教振原来都是基督教的主要教区，有利益就有冲突，在基督教发展壮大的过程中，两大教区为争夺最高宗教地位而展开激烈的斗争，导致了最终公开的分裂。
按照公元325年尼西亚大公会议的决议，罗马教会在几大教区中名列首位，其次为亚历山大教会和安条克教会。后来随着君士坦丁堡的建成和发展，这种情况发生了变化，君士坦丁堡教会因其特殊的政治地位而迅速发展，大有超过罗马教会之势。公元381年基督教第二次大公会议确定其地位在罗马教会之下，在其他教会之上。但是，君士坦丁堡教会不满足屈居于罗马教会之下，位居基督教世界第二的地位，特别是在古都罗马已经丧失其原有的政治文化中心地位后。公元451年第四次大公会议决定扩大君士坦丁堡教区的宗教管辖权，并明确承认君士坦丁堡教会享有与罗马教会一样的宗教特权。会议决议第二十八款指出：与罗马教区“同样的特权授予最神圣的皇都新罗马，因为这个拥有皇权和元老院光荣并享有与帝国故都罗马同等特权的城市理应在宗教事务中享有与其地位相符的权力”。由此，君士坦丁堡的地位得到了进一步提升，从而增加了与罗马教会抗衡的实力。
而另一方面，罗马教会在日耳曼民族迁徙造成的西欧世界的混乱中，不甘心接受其世界中心地位丧失的现实，于是打起“彼得教会”的大旗，坚持其在基督教世界中的最高地位。两大教区在争夺最高地位的斗争中各持一端，日趋激烈。罗马教会利用君士坦丁堡教会与亚历山大和安条克等东方教区的矛盾来达到自己的目的，君士坦丁堡教会则利用拜占廷皇帝控制和打击罗马教会。双方都利用神学问题相互攻击，就连细微的神学争议都会成为两大教区领袖借用的武器，从而演化为势不两立的信仰大战。
当大教长约翰(582～595年在任)公开采用“普世的”教会时，罗马主教格列高利一世(590～604年在任)立即加以否认，予从公开的抨击，声称在上帝面前人人平等，任何教区都不拥有对其他教区的管辖权，自称代表他人的普世的教会就是反对基督。
在毁坏圣像运动期间，双方的斗争进一步加剧，导致了互不承认对方的合法性的地步。拜占廷皇帝决定由驻拉文纳的总督监管罗马教会，并收回罗马教区在西西里意大利南部地区的财政权等措施，这无疑是进一步加速了罗马教会脱离拜占廷帝国的过程，两大教会之间的距离越来越远。当意大利北部伦巴德人进攻罗马城时，罗马主教立即向法兰克王国寻求支持。
公元756年教皇斯蒂芬二世(752～757年在位)接受法兰克宫相丕平的“献土”，开始了行使其教俗君主权力结合的教皇权，而教皇利奥三世(795～816年在位)在公元800年底为查理大帝的加冕标志着罗马教会最终脱离了拜占廷帝国的控制。拉丁教会和希腊教会不同的文化背景更使它们相互蔑视和仇恨，终于导致基督教历史上的第一次公开大分裂。
公元1054年7月16日，教皇利奥九世(1049～1054年在位)派往君士坦丁堡的特使宏伯特利用在东正教最高圣坛圣索非亚教堂作弥撒之机宣读了开除大教长米哈伊尔一世(1043～1058年在任)教籍的命令，指责“米哈伊尔及其追随者”“犯有使用面包做圣餐的错误和渎神之罪”。米哈伊尔立即在宗教大会上反唇相讥，对罗马特使及其有关教徒处以破门律，指控他们“如同野猪一样来到圣城企图推翻真理”。这一事件直接导致了两教会的最后分裂。