可采用
臭氧消毒、化学药剂熏蒸、紫外线照射、消毒液喷洒等方法。但无论哪种消毒方式，都存在一定
耐药性，因此消毒剂品种应定期更换，且至少要同时考虑两种消毒方式。目前臭氧消毒因具有广谱、高效、操作方便、使用经济、无残留、不会造成二次污染等特点，被广泛用于洁净实验室、
空调系统的消毒。尤其
臭氧发生器多安装于空调净化系统的初效过滤器和中效过滤器之间，可以对送风和回风的管道系统同时消毒，不留死角，这是其他消毒方式所无法比拟的。
理论上，洁净室(区)应设置值班风机，在不使用的时候也进行空气净化，使洁净室(区)对外界保持一定正压，防止外界未净化的空气倒灌。但实际上在实验室做这样的配置比较困难，故制订并严格执行周期消毒尤为重要。
一般而言，在本次使用结束后、下次使用之前，均应用消毒液对洁净室(区)的内表面进行擦拭消毒。另外，在使用期间，应每周使用臭氧消毒2～3次。如果长期搁置不用，在使用前应将消毒液擦拭和臭氧消毒结合使用。