有机肥料是农业生产的重要肥源，在培肥地力、减少化学肥料投入、搞好耕地地力建设、提高作物产量和改善品质方面具有重要作用。但有机肥原料一般为工农业与生活废弃物，其取材广泛、成分复杂，在使用时有许多容易被忽视的一面。
有机肥的优点
营养丰富
有机肥容易腐熟、肥效相对较快，是一种比较均衡的优质完全肥料，营养元素全面、肥效持久，内含N、P、K等大量营养元素和Ca、Mg、B、Zn、Mn、Mo等中微量元素，氮、磷、钾总含量一般可超过8%，在土壤益微生物和有机胶体的作用下，可使施用的各种肥料利用率提高、作用持久。
有机肥是符合时代要求的“环保肥”
有机肥具有蓄水、节约用水、减少水分流失与蒸发、减轻干旱的作用，可以减少化肥施用、减轻盐碱损害、调理土壤、激活土壤中微生物的活跃率，还可克服土壤板结、增加土壤空气通透性。
可以提高农产品品质
有机肥可使果品色泽鲜艳、个头整齐、成熟集中，瓜类农产品含糖量、糖酸比、维生素含量都有提高，且口感更好；棉花纤维长度增加，其他作物的品质均有改善，有利于扩大出口和提高售价。
可改善作物的农艺性状
作物茎秆粗壮，叶色浓绿，开花提前，坐果率高，粒度均一，果实商品性好，上市时间提早。
有益微生物含量高
有机肥进入土壤后，内含的多种有机介质在土壤中增加多种功能性微生物，在生长繁殖过程中产生了大量的次生代谢产物，促使有机物的分解转化，从而直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。此外，有机肥在作物根系形成的优势有益菌群能抑制有害病原菌繁衍，增强了作物抗病性和抗逆性，减轻了作物的土传性病害，降低了发病率。
对有机肥负面作用的客观认识
随着经济的发展，有机肥的肥料来源逐渐扩大，当前的有机肥来源与小农经济时的有机肥成分已有明显的不同，无论是农业生产来源还是工业废弃物、生活垃圾等，都可能产生毒副作用，因而不能等闲视之。
有害生物的影响
畜禽粪便、作物秸秆等有机废弃物由于可能含有较多的病菌、虫卵、草籽等，未经严格处理则会引起农作物病、虫、草害；也可能通过农作物传播一些对人类健康有损害的病原微生物。
重金属和盐分的积累
以城市污泥、生活垃圾等为主体的有机肥，可能含有较高的重金属和盐分；而以规模养殖场的畜禽粪便为来源制成的厩肥等，因为在养殖过程中饲喂的饲料中添加了含有重金属和盐分等的成分，这些重金属和成分也会存留在粪便中，最终导致以此为基础的有机肥重金属和盐分过多，如果不加以适当处理或控制用量，长期大量施用则会造成土壤重金属污染、盐分累积和作物重金属含量超标。
动物排泄物中药物残留的影响
由于药物具有生物效应，动物用药以后，药物以原形或代谢物的形式随粪尿等排出，以此为基础生产的有机肥便会存在药物的毒副作用.
产生土壤养分障碍
有些有机肥，如禽粪、厩肥等营养成分含量较高，一次性使用量过大时，一方面会直接造成肥害，影响植株生长，甚至毁苗；另一方面使得土壤氮素硝化作用增强，造成土壤硝态氮的积累，进而可能使植株硝酸盐含量增加。而有些有机肥碳氮比很高，如秸秆堆肥等，施入土壤后由于微生物活动的需要而与作物争氮，又会引起氮素不足。
植物生长抑制作用
未经处理的有机废弃物、未充分腐熟的堆肥产品都可能对种子发芽和苗期生长产生毒害作用。参照国内外对堆肥使用的标准，有机肥必须经3d以上且高于55℃的温度腐熟才能安全使用。
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以畜禽粪便、农作物秸秆等动植物残体为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料，经工业化复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。以下着重介绍一下注意事项
施用生物有机肥的基本方法
苗床与撒播的作物，肥料撒施；移栽的则穴施或沟施；追肥开环状或“井”字形的进行沟施。施肥深度与范围要在根的有效吸收限度内，并尽量增加根能接触的面积。施肥后一定要与土壤拌匀，并加盖新土保湿。此外，施肥后一定要浇湿施肥部位，并长期保持施肥部位土壤土壤持水量在50%～70%之间，以利微生物保持活性。
施肥的一般要求与管理
（1）土壤酸碱度以pH值5.5～8.5时肥效最好，酸碱度过低或过高都要调整pH值后再施用，不能与杀菌剂、除草剂、生理酸性肥料、生理碱性肥料同时使用，如不能避免，应间隔48h以上。
（2）生物有机肥在使用时，环境温度不能低于5℃或高于40℃，土壤和空气湿度不能低于30%。温度低于5℃或高于40时℃，菌株生长缓慢且效果差。
（3）生物有机肥不能与含硫较高的化肥（如硫酸铵、硫酸钾等）料并用，也不能在含硫较高的土壤上施用。
（4）肥料应存放在避光、避雨处，打开包装后不要久放，最好一次用完，暂时用不完的要扎紧袋口，以免降低肥效。
（5）与化肥混施时，要现配现用，并与土充分拌匀。
（6）土壤干旱时要及时灌水，土壤有机质含量太低时，施用量要加倍。
（7）在使用生物有机肥时，应选择在晴天下午4～6时以后或早上10时以前，喷雾前用洗衣粉清洗喷雾器。基肥、灌根应及时覆土，以免影响肥效。
施肥时对施肥对象的特殊要求
（1） 一年生旱地作物与蔬菜
毎667㎡施150kg，与农家肥或复合肥现拌现施。
（2）水稻与水生作物
毎667㎡水稻施40kg，毎667㎡莲藕、茭白等施100kg，在最后一次犁田时撒施。
（3）苗床
毎667㎡用100kg，与农家肥和少量复合肥撒施，并与土拌匀。
（4） 多年生果树与苗木
第一次的定植坑，每株用15～20kg，与农家肥、磷肥、秸秆、土壤拌匀；幼年树每年每株用2kg，沟施；成年树每年开春每株用3～5kg，与农家肥或化肥拌匀，沟施；果实膨大期每株用3～5kg，与农家肥拌匀，沟施。
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1.有机肥是植物的矿物质营养直接来源，有机肥料含有植物生长和发育所需的各种数量得微量元素。有机肥施入土壤后，经过微生物分解后会继续流动地释放各种养分供植物吸收利用，还能持续释放二氧化碳。提高植物的氮素营养。据报道，蔬菜和植物是由于有机肥料释放二氧化碳，可以促进植物的光合作用，有利于产量提高。
2.有机肥可以提高各种有机养分。有机肥料大多含有组成一个有机体的各种成分，包括各种碳水化合物，比如纤维素、半纤维素、各种糖、蛋白质、氨基酸、酰胺、磷脂等。能可溶性有机化合物。这些化合物经历了各种微生物和酶促反应矿化产生简单的化合物，可以被作物直接吸收利用。
天然得有机肥料有助于增强土壤健康。有机肥料是生态系统友好的替代品，可替代化学肥料。众所周知，化肥会消耗土壤微生物并浸入地下水中，对湖泊、河流、海洋生物造成巨大的“灾难”。
使用有机肥料的主要优点是您将在未来数年内不断耕种而不是消耗土壤。通过以可持续和环保的方式提高土壤肥力并刺激植物生长，有机肥料将为土壤增加养分，以供植物吸收。这些营养素还被居住在健康，生产性土壤中的多种微生物所利用，这些微生物反过来又有利于植物生长，并提高植物的免疫力以及对高温和干旱条件的耐受性。