南京做过六个朝代的古都，分别是东吴、东晋、南朝的宋、齐、梁、陈。
1、东吴
吴国（222年5月23日—280年5月1日），三国之一，是孙权在中国东南部建立的政权，国号为“吴”，史学界称之为孙吴。由于与曹魏、蜀汉呈鼎立之势，所统治地区又居于三国之东，故亦称东吴 。
孙吴是三国之中历时最久的国家，历四帝，共52年（自公元222年算起则为59年）。魏黄初年间，孙权名义上依附于曹魏，并受封吴王。
黄龙元年（229年）5月23日，孙权在武昌（今湖北鄂州）称帝，孙吴正式建国，随后迁都建业（今江苏南京）。
黄龙二年（230年），孙权派卫温、诸葛直率“甲士万人”航海到台湾（时称夷洲），这是我国的政治势力第一次达到台湾。
孙吴领有汉末扬州与荆州大部地区及交州全境，后分交州东北部为广州。孙吴大力发展经济，对江南地区的开发做出了重大贡献。
天纪四年（280年）5月1日，孙吴亡于西晋，标志着中国汉末三国以来割据局面的彻底结束。
2、东晋
东晋（317年－420年），是由西晋宗室司马睿南迁后建立起来的政权，建都洛阳的西晋覆亡，史称东晋，此外，史书中又仿东汉称中汉，称东晋为中晋，寓以晋室中兴之意；又东晋统治地区大部分在江东，古称江左，因此以江左代指东晋。
东晋是门阀士族政治，与北方的五胡十六国并存，这一历史时期又称东晋十六国。东晋时代，也曾经内部四分五裂。东晋与之前的孙吴以及其后的宋、齐、梁、陈，合称为六朝。
东晋曾多次试图北伐，但由于内部不团结，除了最后篡晋的刘裕取得一定成果外，其余都无建树。祖逖本有希望恢复旧土，但他被司马睿挟制，郁郁而终。
桓温的北伐则被慕容垂击败。太元八年（383年），前秦苻坚率兵南侵，东晋宰相谢安力主抗击，派谢石谢玄率军，在淝水之战大获全胜，苻坚只身逃回北方，南北分立之势从此而成。
后有桓玄叛乱，废安帝，自立为天子，后为大将刘裕所平，拥恭帝，然大权落裕。
元熙二年（420年），宋公刘裕废除晋恭帝，建立刘宋，东晋灭亡，中国历史进入南北朝时期。
3、宋
南朝宋（420-479年），中国南北朝时代南朝的第一个朝代，也是南朝四个朝代中存在时间最久、疆域最大、国力最强的朝代。共传四世，历经九帝，享国60年。
因国君姓刘，为与后来赵匡胤建立的宋朝相区别，故又称为刘宋；又按五德终始之说，其为水德，故又称水宋。
刘裕在东晋末期的乱世中趁势崛起，先后平定孙恩、桓玄、刘毅、卢循、司马休之等势力，又灭桓楚、西蜀、南燕、后秦等国。
不仅统一了中国南方，同时也收复了山东、河南、关中等地，最终代晋建宋，定都建康（今江苏南京）。
刘宋前期，社会安定，刘裕即位前后，大力推行改革，集权中央，抑制豪强兼并，实施土断，打击豪强士族，整顿吏治，重用寒门，发展生产，轻徭薄赋，废除苛法，亲自听讼，振兴教育，策试诸州郡秀才，举善旌贤，多次遣使访民间疾苦，改善政治和社会状况。
刘裕死后，宋文帝刘义隆继续实行刘裕的治国方略，元嘉年间一片繁荣，史称“元嘉之治”。然因文帝晚年北伐失败致国力大损，刘宋后期，朝政混乱，帝王更迭频繁。公元479年被权臣萧道成取代，建立南齐，刘宋覆灭。
4、齐
齐朝（479年—502年）是中国南北朝中南朝的第二个朝代。
开国皇帝萧道成曾在宋明帝在位期间担任右军将军。宋明帝去世后他与尚书令袁粲共同掌管朝政。
公元474年，萧道成平定江州刺史桂阳王刘休范的反叛，进爵为公，迁中领军将军，掌握了禁卫军，督五州军事。此时宋朝内斗激烈，萧道成逐渐掌握大权。
公元477年，萧道成杀后废帝刘昱，拥立他的弟弟刘准继位。萧道成被封齐王。在这之后，萧道成铲除了忠于宋的袁粲、沈攸之等人。公元479年，萧道成迫使宋顺帝刘准禅位，自立为帝，建立南齐。国号源于谶纬之说。民间有谶歌云：“金刀利刃齐刈之”，意即“齐”将取代“宋”。
公元502年齐和帝被迫禅位于起兵夺位的将领萧衍。南齐覆灭，南齐是南朝四个朝代中最短命的，仅有二十三年。
5、梁
南朝第三个王朝。萧衍创建。都建康。历四帝，共五十六年（502～557）。永元二年（500），萧衍之兄萧懿被齐东昏侯萧宝卷杀害，三年，萧衍乘南齐君臣互相残杀，政局极端混乱之际，自襄阳举兵东下，攻占建康，并于次年称帝。
国号梁，建元天监，历史上又称萧梁。都建康（今江苏南京）。
盛时疆域约为今广东、广西、海南、福建、江西、浙江、江苏、安徽、湖北、湖南 、云南、贵州等省区 ；河南、陕西、四川各一部分以及越南北部东部、缅甸北端小部分。
6、陈
陈朝（557年—589年），史称南陈或南朝陈，是中国南北朝时期的南朝最后一个朝代，为陈霸先于永定元年（557年）代南梁所建立，都建康（今南京），控制江陵以东、长江以南的、交趾以北的地区。
陈朝建立时已经出现南朝转弱，北朝转强的局面。陈朝刚建立时（557年）面临北方政权的入侵，形势十分危急。陈朝开国皇帝陈霸先带领军队一举击败敌军，形势逐渐好转。
陈霸先于永定三年（559年）病逝，其侄陈文帝陈蒨即位，陈蒨大力革除南梁奢侈之风，使陈朝治稍为安定。天康元年（566年），陈蒨死，遗诏太子陈伯宗继位，于次年被文帝弟陈宣帝陈顼所废。
陈顼即位后，继续实行陈蒨时轻徭薄赋之策，使江南经济逐渐恢复。太建九年（577年），北周灭北齐。翌年，周陈在吕梁展开激战，周败陈，吴明彻被俘，淮南之地得而复失，江北州郡尽为北周所有。
太建十四年（582年），陈顼病死，太子陈叔宝继位，是为陈后主。后主不问政事，荒于酒色，陈朝政治已江河日下。北方的隋文帝杨坚积极准备灭陈。
祯明二年（588年），杨坚命其子杨广等统军攻陈（隋灭陈之战），至次年攻陷建康，南朝陈灭亡。
参考资料来源：百度百科——南京
南京之名始于明代初年，之前有金陵、秣陵、建业、建邺、建康、白下、升州、江宁、集庆、应天等名。
明成祖时国都北迁，应天府改称南京。太平天国称之为天京、清朝称为江宁，
辛亥革命以后再改称南京至今。本回答被提问者采纳