主要区别是，性质不同、性别不同、产生原因不同，具体如下：
一、性质不同
1、人妖
指的是专事表演的从小服用雌性激素而发育的男性。
2、变性人
“变性人”指的是那些已经通过手术改变了自己原本生理性别的人。
二、性别不同
1、人妖
是用雌性激素而发育女性化的男性。
2、变性人
男女都可见，以男性较多。
三、产生原因不同
1、人妖
大部分的人妖，并非心理疾病（GID）所以选择变性，更多的是迫于生活与生计，而选择这条道路。
2、变性人
基本上有两个，一种就是内在的原因，由生物因素所致或者从某种意义上讲DNA决定。第二种就是后天的教育，人生影响，主要受父母或是监护人影响。
参考资料来源：百度百科-人妖
参考资料来源：百度百科-变性人
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