新世界船长史库亚多突然袭击白胡子，一刀贯穿了他的身体。原来他被赤犬所骗，以为白胡子和战国有协议，海军只攻击新世界船长一伙，对白胡子海贼团不出手，放他们离开。而史库亚多和艾斯有仇，因为罗杰灭了他以前的海贼团，他怪白胡子没有说出艾斯的身世，这才袭击白胡子。
青雉冻住最后的影像电传虫，转播中断。白胡子以震震果实能力击碎青雉制造的冰块，留下了海贼们逃脱的后路，白胡子并非出卖“儿子”那种人。他说了句：“要跟随我的抛弃性命跟随我吧”，然后高高跳起拿着大刀向海军奔去，后发动震动被三大将拦下。路飞跳上邢台也被三大将拦下。海军欲行刑，却意外地被克洛克达尔阻止。
马尔科欲飞上行刑台救下艾斯，被卡普一拳揍下。白胡子伤势越来越重，又被赤犬盯上，血流不止。马尔科手上被蜘蛛中将拷上海楼石，黄猿乘机以激光贯穿马尔科的身体。乔兹身体被青雉完全冰冻，右手臂似乎已经断开。路飞伤重倒下，被伊万再次以荷尔蒙果实救活，不过这只能是最后一次使用了。当海军又要行刑时，路飞怒吼，霸王色霸气出现，行刑刽子手应声倒下，全场震惊。
白胡子命令手下人全力援护路飞，闪电用自己剪剪果实的能力从地上剪开一大片土地延伸到艾斯的处刑台上。路飞沿着路一直往上，却被卡普挡在身前。路飞全力一战，卡普终于还是被亲情左右，故意被路飞打中，从高空坠下。路飞来到艾斯面前，手铐钥匙却被黄猿击断，接着发现其中昏倒的一个刽子手既然是Mr.3。此时战国突然变身，身体巨大化，像一尊大佛。路飞以“三档”挡住战国的攻击，处刑台倒塌。
Mr.3利用蜡烛能力打开了艾斯的手铐，艾斯“浴火重生”。艾斯和路飞一同对抗海军，艾斯更是用火挡住了青雉的冰。斯库亚多带领其海贼团准备掩护众海贼撤退时，白胡子单手挡住船，并下达了最后的船长命令，命令全员撤退，自己留下，准备与海军做个了断。
赤犬要杀了路飞，艾斯挡在了他的身前，艾斯内脏被烧焦，在回忆中没有遗憾的死去。白胡子发怒，给予赤犬重创，赤犬烧掉了白胡子半边脸。白胡子给予赤犬的一击使海军本部几乎崩塌，赤犬吐血。此时，黑胡子带领其海贼团登场，并带来了LV6四个大囚犯：卡特里娜·迪波，大酒之巴克斯·乔特，巨大战舰 圣胡安·恶狼（船），恶政王--阿瓦洛·皮飒洛。
白胡子怒起，向黑胡子展开攻击，黑胡子黑暗能力想封住白胡子的震动，却被白胡子砍伤，白胡子将黑胡子按倒，黑胡子求饶，地裂。黑胡子未死，起身后命令其海贼团攻击白胡子，白胡子在自己的回忆中闭上双眼。被称为“怪物”的白胡子当海贼的目的不是为了宝藏，而是为了家庭。死亡时，其身体仍然保持站姿。
黑胡子用“影之衣”盖住了自己和白胡子的身体，出来之后竟奇迹般的拥有了白胡子的震震果实的能力。也就是说现在拥有黑暗果实和震震果实两种能力。黑胡子利用震震果实能力震毁了海军本部马林福特，还扬言要沉了这座岛。战国发怒，变身以冲击波攻击黑胡子一伙。黑胡子一伙受伤。
赤犬重新站起追杀路飞，甚平抱着路飞想逃到海上，海水却被青雉冻住。赤犬以熔岩之拳贯穿了甚平的身体，幸好甚平躲过要害。此时，克洛克达尔出现相救，将二人吹飞到空中，却被巴基接住。赤犬紧追不舍，却被白胡子海贼团下船拦住，即将一战。这时，海水里冒出一艘潜水艇，特罗法尔加·罗出现并要巴基将路飞交给他，说我是个医生。
黑胡子的地震引发了海啸，造成了世界的恐慌。克比见到不断惨死的海军，拦住了赤犬，希望他们停止这场战争。赤犬充耳不闻，准备攻击克比。此时，红发突然出现，挡下了赤犬的攻击。贝克曼用枪指着黄猿，命令他别对罗出手。红发捡起路飞掉下的草帽，要巴基交给路飞。
大将给罗的潜水艇以最后的攻击，罗带着路飞，甚平潜入海底。汉库克欲寻找路飞而去。红发希望各位给他个面子，带走白胡子和艾斯的遗体，至此，黑胡子海贼团离开，海军收手，白胡子海贼团收手，大事件结束。
各超新星在本部外观看了整场战斗，基德道出最后一个四皇叫毕古·麻姆，汉库克追上罗的船，罗给路飞做了手术，汉库克准备带路飞去女儿国。甚平醒来，伊万一行准备去人妖国，也就是说可能遇到香吉士。白胡子以前某领地被茶胡子占领。监狱第六层逃出了很多囚犯，战国欲发悬赏，被上层阻止。莫利亚被杜夫拉明高和PX机器人围攻，命在旦夕。而杜夫拉明高却说出了是受上层指使，可能是五老星。
大事件两个星期后。伊万一行告别。罗和汉库克来到女儿岛，罗的船停靠在港口。路飞醒来，因艾斯的死陷入极度的悲痛之中，到处发泄。路飞回忆起了和艾斯的过去，卡普继艾斯之后又将路飞交给山贼达旦抚养，路飞和艾斯至此相识。
路飞每天追随艾斯，艾斯不予理睬，反而不断阻拦。经过三个月，路飞终于找到了艾斯的目的地——“非确定物终点站”。艾斯和一个叫萨波的小孩为了买海贼船出海，一直在这里存钱。因为怕路飞泄露出去，艾斯和萨波将路飞绑起来，可是都不忍心下手杀他。这时布鲁杰姆海贼团船员珀尔舍米前来找麻烦，因为艾斯打了他们的人。艾斯和萨波躲了起来，珀尔舍米将路飞拎起，要他说出艾斯所在，路飞拒绝。
艾斯和萨波怕路飞说出宝物所在，将宝物全部转移走。路飞被山贼残忍毒打，可是依然什么都没有说。艾斯和萨波于是救下路飞。路飞要和艾斯他们做朋友，所以即使受到再大的痛苦，也不愿出卖朋友。从此，三人一起生活，名声大涨，恶名已传播到王国街道。而此时，天龙人即将来到这个国家。
萨波原来是贵族身份，因为不满于家庭的生活方式而选择离家出走。萨波为了救艾斯和路飞，选择了和父亲回去。王国决定要烧掉非确定物终点站，布鲁杰姆海贼团被骗，和艾斯路飞一起被关在了火焰之中。此时，龙出场，革命军有所行动。而萨波乘着船出海。
达旦前往救助艾斯和路飞，终于逃脱了这场大火，达旦受伤。萨波的船被天龙人击沉，萨波生死不明。艾斯要报仇，被达旦拦下。艾斯收到萨波航行前留给他的一封信。
故事回到现实，卡普回到故乡，达旦攻击卡普，质问他为什么不救艾斯。路飞悲痛之下和甚平对打，可是不敌，路飞深感自己实力不足，想起了他的伙伴。此时，雷利独自一人游泳来到女儿岛见路飞，还道出了熊的真实身份为革命军干部，加入七武海是有目的的。
索隆原来是被拍到鹰眼的领地，伙伴们得知路飞失去艾斯这件事后都急着想回去。熊又突然出现在香波地岛上，不知是敌是友，还有无记忆。五老星开会，商议大事件。战国向世界政府全军统帅钢骨提交辞呈，要辞去海军元帅一职，并推举下任元帅为青雉。钢骨要战国像卡普一样把军衔留在军中，原来卡普也辞职了。斯摩格希望青雉让他去新世界的海军G5支部，克比似乎也领悟了一些霸气。
大事件结束不久，路飞，甚平，雷利突然又出现在海军本部。先用军舰航行一周进行“水葬之礼”，接着敲响了“奥克斯大钟”16声，又向战争遗迹投去花束默哀。原来路飞是在雷利的指点下向伙伴们传达信息，伙伴们全都领悟。
除罗和路飞以外，其余超新星全部进入新世界。德雷克攻击凯多看中的岛屿，阿普被一群野猪追，竟然能在空中奔跑。邦妮被黑胡子抓住，不肯屈服。后黑胡子发现了赤犬追了过来，带领手下逃离，邦妮被赤犬抓住。莫利亚在被杜夫拉明高追杀时突然消失，原来杜夫拉明高是受政府一个不知名的人要求，并非五老星。
伙伴们看到路飞报纸上的照片，手臂上纹有“3D2Y”的团，3D被打了一个X，D代表DAY，Y代表YEAR，就是原定3天后集合改为2年后集合，路飞希望伙伴们各自提升实力。
伙伴们想起了路飞的恩情，乔巴进一步研究医学，香吉向伊万学习能提升力量的料理，娜美学习新世界的气象，布鲁克谱写新的乐曲，罗宾随着革命军要去见龙，弗兰奇要进行更新的改造，乌索普要成为真正的“狙击之王”，索隆跟着鹰眼学剑，而路飞在雷利的指点下了解了霸气分为“见闻色”“武装色”和“霸王色”。
剧情转入两年以后：香波地岛上出现一伙人冒充草帽团，并不断招募船员。娜美留了长发，乌索普变的强壮起来，香吉士遮住眼睛的头发换了边，也留了小胡子，罗宾剪掉了刘海，布鲁克开起了演唱会，弗兰奇全身进行了改造，乔巴没什么变化，索隆左眼有一道刀痕，路飞胸前多了两道伤疤。战桃丸准备带着PX行动，抓捕草帽团，而假草帽团和路飞，娜美，乌索普起了小的冲突……
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