益生菌的保存是有一定的要求的，如果存放的温度不当，很可能导致益生菌失去活性，这样的益生菌是没有什么效果的，有些菌类存在季节性，在对的季节吃能更好的发挥其效果，而益生菌也是属于一种菌类，还是对人好的菌类，那么益生菌什么季节吃最好呢?
益生菌秋天吃最好，因为秋季是感冒的多发季节，由于宝宝免疫系统发育还不够完善，抵抗力较弱，加之小孩子易动易出汗，容易着凉引起上呼吸道感染。有些腹泻带有明显的季节性，其中以轮状病毒所致的婴幼儿腹泻最为典型，一般发生在较寒冷的季节, 每年的10月至次年的2月是轮状病毒腹泻的高发季节，此时吃益生菌可以适当的预防。
给宝宝添加益生菌，通常建议和奶一起服用或者是奶后半小时服用。宝宝常用益生菌制剂有很多优点，益生菌通常能够帮助宝宝建立正常的肠道菌群，提高宝宝的消化功能，维持一个良好的肠道环境。但是，益生菌并不是吃的越多越好，需要在医生的指导下用药。平时还可以给宝宝做做腹部热敷和按摩，以宝宝的肚脐为中心，用手掌由左向右转，轻轻摩擦宝宝的腹部，10圈休息5分钟，再按摩10圈，反复进行3回合，也可以促进宝宝的消化吸收。
还有益生菌最好在饭后20分钟后服用，因饭后胃酸浓度降低，更有利于让活菌顺利到达肠道发挥作用。进入胃的食物可消耗大部分胃酸，更有利于让大部分益生菌活着进入小肠，否则即使是被选出的已确定能到达小肠的益生菌菌株也难免会遭受损失，令其功效打折。
益生菌本来是我们身体存在的一大类菌种，从临床角度来讲，如果一个病人身体很差，或者需要服用激素类或免疫抑制剂的药物，这些人就不建议服用益生菌。通常正常人服用益生菌是没有风险存在，可以正常食用。益生菌从口到肠道，需要经历千辛万苦，当益生菌到达肠道发挥作用的时候，实际上它的量已经减少很多了。而对正常人而言，通过日常喝酸奶来补充益生菌就可以了。
胃酸过多的人、胃肠道手术后的病人、心内膜炎和重症胰腺炎患者不宜多喝益生菌酸奶，最好事先咨询医生；其他人则可以尽情享用。一般出生3个月后的婴幼儿即可开始逐渐补充一些含有益生菌的乳制品。对于孕期容易产生便秘等问题的孕妇来说，补充益生菌也是非常有帮助的，且一般随着年龄增加，肠内有害菌增多，所以成年人及老年人更需要补充益生菌。