秦淮河是古老的南京文化渊源之地，而内秦淮河从东水头至西水关全长4.2公里的沿河两岸，从六朝起便是望族聚居之地，商贾云集，文人荟萃，儒学鼎盛，素有“六朝金粉”之誉。
位于南京秦淮河畔的夫子庙，始建于东晋成帝司马衍咸康三年（337年），根据王导提议“治国以培育人材为重”，立太学于秦淮河南岸。当年只有学宫，并未建孔庙。
孔庙是宋仁宗景祐元年（1034年）就东晋学宫扩建而成的。因为祭奉的是孔夫子，故又称夫子庙。在学宫的前面建孔庙，目的是在于希望士子遵循先圣先贤之道，接受封建教化。
自六朝至明清，十里秦淮的繁华景象和特有的风貌，曾被历代文人所讴歌。 夫子庙位于秦淮河北岸，原是祀奉孔子的地方，始建于宋代景祐元年（1034年），是就东晋学宫旧址扩建而成。
南宋建炎年间遭兵火焚毁。
绍兴九年（1139年）又重建，称建康府学。
元朝改为集庆路学。
明初为国子学，将上元、江宁两县学并入，后为应天府学。
清代将府学迁至城北明国子监旧址，这里便成为江宁、上元两县县学。
清初府学迁原国子监，便将夫子庙原府学故地改为上元、江宁两县的县学。
咸丰年间再次毁于兵火，同治八年（1869年）重建。
1937年，抗日战争时被日军焚毁而严重损毁。
1984年，市、区人民政府为保护古都文化遗产，经有关专家科学论证和规划，几度拨专款，历数年的精心维修和复建。在东起桃叶渡，西抵中华门1.8公里的秦淮河两侧，一批文物古迹和旅游景点得到了恢复和建设，还兴建了高低错落、富有地方传统特色的河厅河房、歌楼舞榭，以及商业街众多的书肆、小吃店、茶馆与酒楼，并在河上恢复了绝迹多年的“秦淮画舫”。
1985年修复夫子庙古建筑群，周围茶肆、酒楼、店铺等建筑也都改建成明清风格，夫子庙建筑群由孔庙、学宫、江南贡院荟萃而成，是秦淮风光的精华。临河的贡院街一带则为古色古香的旅游文化商业街。同时按历史上形成的庙会的格局， 复建了东市场、西市场。 这里供应的传统食品和风味小吃。.每年农历正月初一至十八，举行夫子庙灯会。
经过十多年的努力，先后投资10多个亿，恢复建设了大成殿、明德堂、尊经阁、江南贡院、乌衣巷、王谢古居、吴敬梓故居等20多处、30多万平方米古建筑，亭、台、楼、阁、殿错落有致，再现了明清江南街市风貌和古秦淮河厅、河房景观，六朝、明清文化得到进一步挖掘和展示。形成了小商品、古玩字画、花鸟鱼虫等一批特色鲜明的市场群，成为南京商业中心之一。
1991年被评为“全国旅游胜地四十佳”，成为享誉海内外的旅游胜地、文化长廊、美食中心、购物乐园。
