二级调研员和三级调研员的区别主要表现在经济待遇和政治待遇两个方面。
一、三级调研员和二级调研员基本概念 公务员过去实行领导职务和非领导职务双轨晋升制度。2019年新的公务员法实施后，公务员迎来职务与职级并行，原来在厅级以下设置的非领导职务全部改套职级，由过去的八个等级变为四档十二个层级。从小到大分别为:
1、科员职级(两档):二级科员、一级科员。
2、科级职级(四档):四级主任科员、三级主任科员、二级主任科员、一级主任科员。
3、处级职级(四档):四级调研员、三级调研员、二级调研员、一级调研员。
4、厅级职级(两档):二级巡视员、一级巡视员。
原来的科员对应一级科员、副主任科员对应四级主任科员、主任科员对应二级主任科员、副调研员对应四级调研员、调研员对应二级调研员、副巡视员对应二级巡视员、巡视员对应一级巡视员。三级调研员是副处职级的最高等级，二级调研员是正处职级的最低等级。
二、三级调研员和二级调研员的区别 两者区别主要体现在以下几个方面:
1、经济待遇。三级调研员享受的是副处待遇，工资略高于副处实职，二级调研员享受的是正处待遇，在工资待遇方面要高于三级调研员。比如基本工资，二级调研员的职务和级别工资两项加起来，比三级调研员要多200多元;还有车补，二级调研员拿的是正处待遇，三级调研员拿副处待遇，很多地方就会区分出几十到一百多的阶差;包括年终绩效，不少地区正处级和副处级可能会存在几千元的差距，加上社保、公积金等，二级调研员的综合年收入最高或比三级调研员多出上万元。
2、政治待遇。以市直机关为例，三级调研员和二级调研员虽然都是职级公务员，日常管理多数由单位负责，但从四级调研员晋升三级调研员和从三级调研员晋升二级调研员，组织部门对晋升程序的掌握是有差异的。晋升二级调研员，除了按程序推荐、考察外，一般还要查核个人有关事项，而晋升三级调研员则不需要。从这个角度理解，二级调研员在市级层面是组织部门重点掌握和管理的对象，其政治地位和政治待遇明显要高于三级调研员。
3、工作待遇。在职责上，二级调研员和三级调研员一般会被单位党组或党委指定协助实职分管具体的工作，二级调研员的职权分工一般要重于三级调研员;在办公用房上，二级调研员多半由实职副处兼任三级调研员晋升或者实职正处改套而来，担任过处级领导职务，享受处级干部办公用房待遇;而三级调研员有相当大的概率是由原来的未担任副处领导的四级调研员晋升而来，理论上只能享受科级办公用房待遇;在阅文、医疗等方面，二级调研员和三级调研员因为来源渠道不同、协助分工不同，也存在一定的区别。
4、晋升条件。二级调研员必须从三级调研员晋升，三级调研员必须从四级调研员晋升，二者的晋升台阶存在本质区别。
5、职级名额。以地市级机关为例，一至四级调研员的比例是20%，其中一二级调研员不超过一至四级调研员名额总数的40%，一级调研员不超过一二级调研员总数的50%。假设一个单位有50个公务员，这个单位的一至四级调研员总名额是10个，其中，一二级调研员最多不能超过4个，二级调研员不能超过2个;三四级调研员名额可以达到6个，在取得组织部门支持的情况下，这6个名额可以全部用于晋升三级调研员。在职数上，三级调研员比二级调研员要宽裕一些，自然晋升难度也要小一些。