1、原理不同：核苷酸通过脱水缩合形成核酸，故核酸通过水解生成核苷酸，但是核苷酸本身就是由一分子磷酸、一分子五碳糖和一分子碱基通过两次脱水缩合反应生成的，故核苷酸还可以水解。
蛋白质的组成单位是氨基酸，多糖的组成单位是单糖，氨基酸和单糖都不是由脱水缩合反应生成，因此它们不能再水解，氨基酸和单糖确实还可以变成更小的分子，但是这个过程称为分解。
2、分解过程不同：完全水解指的是将生物体摄入的大分子分解成生物体所能利用的最小分子状态比如说RNA水解后可以生成碱基，核糖和磷酸。
当然还可以进一步分解（比如用化学手段把它打到碳，氮之类的境地），但是生物体利用的最小分子状态就是碱基，磷酸和核糖，所以我们说RNA已经完全水解了。彻底水解就是水解到不能再水解。
3、产物不同：如蛋白质水解产物可能有：肽类、蛋白胨等；而彻底水解产物为各种氨基酸。
扩展资料：
一、水解的用例：
（1）含弱酸阴离子、弱碱阳离子的盐的水解，例如：Fe3++3H2O=Fe(OH)3+3H+，CO32-+H2O=HCO3-+OH-
（2）金属氮化物的水解，例如：Mg3N2+6H2O=3Mg(OH)2+2NH3↑
（3）金属硫化物的水解，例如：Al2S3+6H2O=2Al(OH)3+3H2S
（4）金属碳化物的水解，例如：CaC2+2H2O=Ca(OH)2+C2H2↑
（5）非金属卤化物的水解，例如：PCl3+3H2O=H3PO3+3HCl
此类反应多为水分子攻击卤原子，但也有例外，如NCl3水解：
NCl3+3H2O=NH3+3HClO
该反应为水分子攻击氮原子。
二、（水解反应）(有机反应)
1、卤代烃在强碱水溶液中水解，例如：CH3CH2-Cl+H-OH—△→NaOH
CH3CH2OH+HCl→CH3CH2Cl+H2O
2、醇钠的水解，例如：CH3CH2ONa+H2O=CH3CH2OH+NaOH
3、酯在酸、碱水溶液中水解，例如：
CH3COOCH2CH3+H2O—H△→CH3COOH+CH3CH2OH
CH3COOCH2CH3+NaOH=△ H2O=CH3COONa+CH3CH2OH
4、二糖、多糖的水解，例如淀粉的水解：（C6H10O5）n+n·H2O→n·C6H12O6(葡萄糖）
5、二肽、多肽的水解，例如H2NCH2CONHCH2COOH+H2O→2H2NCH2COOH
6、亚胺的水解ArCH=N-Ph—H20 H+ →ArCHO+PhNH2
注意：上述反应中“=”均为可逆符号（除酯在碱中水解的反应），水解产物量很小，不必标明沉淀或气体。
参考资料来源：百度百科-蛋白水解作用
参考资料来源：百度百科-水解