在新的高中生物课程中，处理学生所遇到的疑难问题至关重要。这是教学实践中的核心挑战，也是课程改革能否顺利推进的决定因素。它关系到是否能实现课程目标，即从强调知识获取转向理解科学过程，从积累知识转向知识探索。
新课程内容丰富且难度升级。例如，化学中的物质结构和反应原理，数学中的算法初步、概率与统计，物理中的力与机械、电磁感应和碰撞与动量守恒，以及生物中的遗传与进化、稳态与环境等，这些都是深入且复杂的主题。英语语法，尤其是新教材中的部分，以前从未涵盖，甚至触及到大学水平的内容，与传统教材相比，新知识的深度和广度都有显著增加，对学生和教师都构成了挑战。
如果这些问题不能及时解决，可能会导致学习过程中的知识断层，影响学生对知识体系的整体把握。更严重的是，这些困难可能会变成理解新知识的心理障碍，削弱对相关学科的热情。因此，解决新课程中的疑难问题是确保学生有效学习，保持学习兴趣的关键环节。
南京师大出版社组织了全国最早实施高中新课程的山东、广东和2005年进入课改的教育大省江苏省的特、高级教师，对学生学习中碰到的疑难问题展开大面积调查，并在此基础上梳理与筛选，最终各学科确定了200个左右的疑难问题汇编成书。一一加以进行深入剖析，供同学们在学习时参考。