APA成立于1892年，最初的宗旨是促进基础心理学的发展。而在心理学的发展史上，心理学的实践应用与心理学的基础研究一直存在着尖锐的矛盾。科学心理学的创始人、德国心理学家冯特就把实验心理学看成是一种纯科学，他不主张进行应用研究。虽然冯特间或提到心理学应用的可能性，但他从未给予应用以足够的重视。他的弟子铁钦纳把这种观点带到了美国，强调心理结构自身的研究，反对研究心理的意义与功用，认为心理学的应用属技术范围，并非心理学本门。以此为宗旨而成立的APA当然是理论心理学家们的乐园。而从事实践应用的心理学家除非在实验心理学中占有一席之地，否则他们在心理学中的地位极其低下。学院心理学家视他们是具有商业性质的、非科学的和唯利是图的。他们被选入心理学组织领导岗位的可能性极小。早期精神分析之所以受到大多数心理学家的忽视，在很大程度上是因为精神分析关心的是临床问题，着重点在于心理病理的探讨和适当的介入策略。同基础心理学差距明显。基础研究和实践应用在价值观的不同最终导致组织上的分裂。
在1917年的美国心理学会年会上，一小组人——当时总共也才不多的几个人——很苦恼，感觉他们的兴趣被忽略了，系决定成立他们自己的组织，即美国临床心理学家协会。这个协会慢慢成长起来，美国心理学会也采取了行动。它创立了它自己的临床分会，宣布它愿意接受美国临床心理学家协会的任何成员为自己的成员，并修改了自己的议事程序，其目的是要推进作为一门科学的心理学，并把它当作一门职业。这条办法奏效了：变节者回家了，美国临床心理学家协会也解散了。虽然这件事在一定程度上提高了临床心理学家们的地位，但并没有从根本上改变基础心理学在APA中占主导地位的事实，于是在1938年临床心理学家们再次退出美国心理学会，并组建了自己的学会，只是由于政治上的某些原因，这种分裂才得到暂时解决。二次大战以后，情形出现了变化，在美国心理学会中，应用心理学家逐渐占据多数地位，而基础研究分枝的心理学却成了心理学会中的“少数民族”。学术研究倾向的心理学家越来越担心美国心理学会将变成一个非学术性的职业组织，这种担心最终酿成了美国心理学会组织的第三次分裂。1988年，在亚特兰大举行的美国心理学会年会上，发生了一件决定性的事件，这个协会的前任会长和著名的学术研究者们，带着一股反叛精神和违抗宣布成立一个新的组织，即美国心理科学协会（APS），主要为进行学术和科学方向上的心理学家服务。在接下来的几周内，好几百名心理科学家退出了美国心理学会，转而参加了美国心理科学协会，另有好几百人也参加了这个学会，但保留了他们原来的会籍。在一年的时间里，美国心理科学协会已经拥有6500名成员了，到1992年，成员数增长到了13000人。它现在比美国心理学会的人数少些，而且总数少得多，但它在成长之中，其领导人预计，其潜在的成员数在30000左右。
所不同的是，1988年的这次分裂的挑起者不是实践应用的心理学家，而是从事基础研究的心理学家。
基础心理学一方的担心不是没有道理的。近年来，西方心理学一直在向应用方面倾斜。应用心理学的规模越来越大，而代表着基础心理学的实验心理学、比较心理学、生理心理学和人格心理学的规模却逐渐萎缩。80年代末期美国心理学会的一项调查表明，相对于50年代的三分之二心理学博士毕业于基础研究领域，现在三分之二的心理学博士毕业于心理学的应用领域。自70年代以后心理学的基础领域的博士毕业生就在逐渐减少，到80年代末时，毕业生的数字掉到了60年代的水平。从美国心理学会会长的人选上也可以看出基础心理学的衰落。以往各任会长均由有突出学术贡献的心理学家担任，但近年来会长的人选不再能体现这个特点，决定一个人能否担任会长往往不是看其学术能力，而是依据其能否从政府那里获得更多的赞助，在此方面，应用心理学家当然优于基础心理学家。这样一来，基础研究倾向的心理学家越来越感到心理学会不能代表他们的利益，他们不得不为自己的利益而抗争，为保全心理学的基础研究而奋斗。这最终导致了学会的分裂，在传统的美国心理学会(APA)之外又出现了一个新的学会组织，即美国心理科学协会(APS),至如今这两个心理学的学会组织仍分庭抗礼，暴露出心理学内部根深蒂固的矛盾,也暴露出心理学分裂的严肃性。
这两个组织继续在进行竞争活动，以吸引更多的研究生和新的博士学位持有人，可是，今天，美国心理科学协会的成员却认为归属于两个组织是最为明智的。目前的情况是，美国心理科学协会会继续成长，并服务于科学大众。美国心理学会每年也有增长，它的临床——职业性成员的比例也总是大得多，可是，它会继续拥有许多学术——科学性的成员，为他们出版刊物，并在华盛顿和其它地区维护他们的利益。
