舅舅和外甥的鉴定，不是叫
亲子鉴定，而是属于亲缘关系鉴定中的疑难亲缘关系鉴定。亲子鉴定和亲缘关系鉴定，两者是不一样的，亲子鉴定是父母与孩子的鉴定，而亲缘关系鉴定是爷爷和孙子、叔叔和侄子、姐姐和妹妹、奶奶和孙女、姨妈和外甥女、舅舅和外甥等关系。
亲缘关系鉴定：是依据遗传学的基因理论，子女的基因组DNA各有一半分别来源于亲生父母一方。
亲缘关系鉴定，分为三种：一是常规的亲生
血缘关系鉴定、二是隔代亲缘关系鉴定、三是疑难的亲缘关系鉴定。
1、常规的亲生血缘关系鉴定：包括父母子三方（又称为三联体）、父子（或母子）双方(又称为二联体)的亲权鉴定。
2、隔代亲缘关系鉴定：指要确认
曾祖父母、祖父母、与曾孙子(曾孙女)、孙子(孙女)之间的亲缘关系。还包括单纯的父系亲缘关系鉴定如要确认曾祖父、祖父、与曾孙子、孙子之间的亲缘关系，以及单纯的母系亲缘关系鉴定如要确认曾祖母，外祖母，与外孙女，曾外孙女之间的亲缘关系。
3、疑难的亲缘关系鉴定：除上述两种外，还有一些比较疑难的亲缘关系鉴定，如父母皆疑（无）的同胞（兄弟、兄妹、姐弟、姐妹）、表兄妹关系的鉴定，叔侄之间、姨和外甥女之间、舅舅与外甥（外甥女）之间的亲缘关系鉴定等。
据舅舅和外甥之间的亲缘关系是可以鉴定的，但是这里的舅甥亲缘关系是指舅舅是外甥的妈妈的必须是同父同母的姐弟或兄妹，其他舅甥关系不在此范围内，例如舅舅是孩子母亲的同父异母兄弟或堂表兄弟，则因无法给出明确的鉴定意见，所以不予受理。
同一母系亲缘关系鉴定 来自于同一母系，比如外婆与外孙女，姨妈和外甥女，舅舅与外甥或外甥女等关系之间的亲缘关系鉴定。
线粒体DNA一般只通过母系遗传，是人们探索母系遗传的绝佳工具。母亲将她的mtDNA传递给儿子和女儿，但只有女儿能将其mtDNA传递给下一代。只要是来自于同一母系的个体，都可以进行此类鉴定。所采用的遗传标记为线粒体高变区的SNP和X染色体的STR检测。