安徽农业大学植物保护学院在学科建设上取得了显著成就。学院拥有2个省级重点学科：植物病理学和农业昆虫与害虫防治，其中安徽省农产品安全重点实验室和安徽省植保技术培训中心是学院的重要研究平台。
在学位教育方面，学院设有农业昆虫与害虫防治博士学位授权点，以及植物病理学、农业昆虫与害虫防治学2个二级学科硕士学位授权点。同时，学院还是植物保护一级学科硕士授权点的领导者，提供植物保护国家级特色专业和动植物检疫本科专业。此外，还有应用微生物与昆虫资源利用2个研究所，致力于培养研究生和本科生，目前在读研究生47人，本科生人数为688人。
学院师资力量雄厚，现有教职工30人，其中包括7位教授，7位副教授及以上的高级职称，5位博士学位，2位博士生导师。学院拥有2位省跨世纪学科带头人、3位省高校中青年学科带头人，以及2位教育部和省级骨干教师。此外，还有3位省模范教师、省优秀教师和省师德先进个人，体现了学院对教师队伍建设的高度重视。
在学术研究方面，学院近年来承担了6项国家级和省级科研项目，荣获5项省部级奖励，出版专著和教材超过20部，发表学术论文近300篇。学院积极与国内外学术界交流，已经邀请了18人次的国外专家和16人次的国内著名专家、院士来院进行学术交流，并派出教师出国访问、进修和参加国内外会议，总计40余人次。