（1）有机肥料施入土壤以后，经土壤微生物的作用会转化成腐殖质，腐殖质进一步分解，不但可释放出氮（N）、磷（P）、钾（K）、钙（Ca）、镁（Mg）、硫（S）、硼（B）、铁（Fe）、锌（Zn）、铜（Cu）等肥料元素，供作物不断地吸收利用。而且有机质分解后还能不断地释放出大量的二氧化碳（CO2）和水分。释放的二氧化碳不会被风吹走，全部成为光合作用的原料。因此，在设施内增施有机肥料，可有效地解决设施内栽培作物二氧化碳（CO2）气体缺乏的问题，使温室内二氧化碳的含量大大高于露天条件下空气中二氧化碳含量，能大幅度地提高室内作物的光合生产率和产量。
（2）增施有机肥料，可以显著提高土壤有机质含量。有机质在土壤中，经微生物的作用转变成为腐殖质（即胡敏酸、富里酸和胡敏素）。土壤中的腐殖质含量虽少，但对土壤性状和植物的生长状况影响是多方面的：
①它能够改善土壤的理化性状，促进团粒结构的生成，增加土壤的孔隙度，调节土壤的水气比例，使土壤的三相（固相、液相、气相）比例和理化性状更趋合理。从而提高了土壤的保水、保肥能力，改善了土壤的通气性能，促进土壤微生物的活动，并使土性变暖。
②它能不断地分解释放二氧化碳和氮、磷、钾、钙、镁、硫等矿质元素，除满足植物光合作用、生长发育对二氧化碳和矿质元素的需求外，还能刺激根系的生长发育，促进扎根。
④它具有缓冲性，能够调节土壤的酸碱度（pH）。土壤溶液处于酸性时，溶液中的氢离子（H+）可与土壤胶体上所吸附的盐基离子进行交换，从而降低了土壤溶液的酸度；当土壤溶液处于碱性时，溶液中氢氧根离子（OH-）又可与胶体上吸附的氢离子（H+）结合生成水（H2O），降低土壤溶液的酸度。因此在盐碱性土壤中，增施有机肥料，是改良盐碱地的最有效途径之一。
有机肥料有多种多样，人畜粪便、作物秸秆、杂草树叶、各种饼肥、沼气液渣、酒糟、醋糟等，都是良好的有机肥料。
在设施内施用基肥时，每667米2土地，可用8～10米3的畜禽粪+200千克有机生物菌肥，或饼肥，结合整地施入土壤内。
也可以结合整地，翻压切碎的植物秸秆、树叶等，每667米2可翻压500千克左右，或鲜草1500千克左右。为防止秸草发酵分解时夺取土壤中的氮元素，每50千克干草中，可掺加1～1.5千克碳酸氢铵，翻压后，灌透水，地面见干时再整畦。
追肥也应以有机肥料为主，一般在幼果迅速膨大期追施，特别是冬至前半个月左右，气温、地温都将进入最寒冷时期，为提高地温和保障二氧化碳的供应，一定要在操作行中追施有机肥料，可一次性追施腐熟粪干每667米22000～2500千克，或腐熟粪稀每667米22500～3000千克。追肥必须严格执行开沟、撒粪、浇水、覆土、盖膜同步进行。整个操作过程要在晴天上午拉开通风口以后进行，严禁阴天或傍晚时间追肥！以免氨气为害作物和防止增高温室内的空气湿度，诱发病害。
追肥也可以结合浇水进行，每次、每沟冲施腐熟畜禽粪3～5千克或腐熟饼肥1～1.5千克，每20～30天1次。