清华大学附属玉泉医院是一家设备齐全、科室完善的医疗机构，设有急诊科、神经科、内科等多个临床科室，如普外科、骨科、妇产科、儿科等，以及保健科、检验科、放射影像科等医技科室。医院内设北京市红十字会急救中心的急救站，确保了紧急情况的及时处理。
医院的医疗设备先进，拥有多达335台（套）万元以上设备，包括最新的磁共振、CR和CT等，确保了关键医疗技术的前沿水平。医院致力于医疗特色发展，满足不同层次患者的医疗需求，尤其在妇产科，无痛人工流产技术以其确切的镇痛效果，快速起效和快速恢复的特点备受好评。
精神卫生科由著名专家刘破资主任医师主持，提供包括健康人群的精神卫生咨询、亚健康状态的心理治疗以及慢性疼痛和身心疾病患者的康复治疗等服务。性医学科由马晓年主任医师创办，是北京市特色专科，专注于性健康咨询、男性生殖内分泌疾病诊断与治疗等，享有较高的京城知名度。
医院还设有专门的体检中心，提供独立于就诊病人的健康体检服务，如职工年度体检、学生体检等，且支持建立个人健康档案，满足广大民众的健康管理需求。
清华大学玉泉医院（清华大学第二附属医院）， 1983年12月正式开院，是一所向社会开放的综合性医院。2003年4月10日正式划归清华大学。 医院占地面积32580平方米，建筑面积52000平方米，绿化面积近10000平方米。编制床位500张，现开放床位300张。医院现有在职职工600余人，高级职称70余人，中级150余人，有9位专家享受政府特殊津贴。