企业通过微信发工资是不合法的，当企业与员工两方发生劳动仲裁争议的时候，通过微信形式发放工资的形式很难取证，也无法得到法律仲裁的承认，
况且在大多数的情况下微信发工资一般都是由企业老板或财务的私人微信账号直接转账至员工微信账号，这些转账的钱没用通过公司的对公银行账号转账，所以就企业来说存在较高的风险。
法律依据
《劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《劳动争议调解仲裁法》第三十九条规定，当事人提供的证据经查证属实的，仲裁庭应当将其作为认定事实的根据。劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。
扩展资料；
案件简介：
李某状告郑州大海商贸有限公司拖欠其2015年3月、4月、5月份工资未发放。郑州大海商贸有限公司相关负责人领《应诉通知书》时告诉仲裁员：公司已经把工资发给李某了，是在微信上通过发放“红包”的形式把工资发给李某的。
该负责人在参加庭审时把手机拿给仲裁员看，只见在微信上确实给李某发放过一笔大额红包，但是李某的手机上无收到“红包”的记录，导致仲裁庭无法判断该负责人是否通过微信“红包”形式给李某发放工资，李某是否已经“拆”了红包。
仲裁庭按照《劳动争议调解仲裁法》第六条规定，郑州大海商贸有限公司对其主张有责任提供证据，因其未提交有力证据证明为李某发放过工资，最终支持了李某的仲裁请求。
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