法律分析：首先应当在各部门的参与下，计算出应缴纳土地使用权出让金额，并拟订协议出让方案。应缴纳土地使用权出让金额应当按下式核定：转让后不改变用途等土地使用条件的：应缴纳的土地出让金=拟出让时的出让土地使用权市场价格-拟出让时的划拨土地使用权权益价格。转让后改变用途等土地使用条件的：应缴纳的土地出让金=拟出让时的新土地使用条件下出让土地使用权市场价格-拟出让时的原土地使用条件下划拨土地使用权权益价格。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第二百四十三条 为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收集体所有的土地和组织、个人的房屋以及其他不动产。
征收集体所有的土地，应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益。
征收组织、个人的房屋以及其他不动产，应当依法给予征收补偿，维护被征收人的合法权益；征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件。
任何组织或者个人不得贪污、挪用、私分、截留、拖欠征收补偿费等费用。
第三百二十七条 因不动产或者动产被征收、征用致使用益物权消灭或者影响用益物权行使的，用益物权人有权依据本法第二百四十三条、第二百四十五条的规定获得相应补偿。